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私が作成したNIfTIファイルを書き出しようとしています。 。。DICOM画像は、この例では、私はあなたがサンプルファイルをダウンロードする条項に同意する必要がwriteNIfTIエラー - if(!all(オブジェクト@ dim_ [インデックス]> 0&pixdim(オブジェクト)[インデックス]>:TRUE/FALSEが必要な場合にエラーが発生する
KaggleのデータサイエンスボウルからDICOM画像を使用していますが、それは「ステージ1」フォルダにここで見つけることができます:
https://www.kaggle.com/c/second-annual-data-science-bowl/data
pacman::p_load(oro.dicom, oro.nifti)
all_slices_fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe <- readDICOM("stage1/fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe")
nii_test <- dicom2nifti(all_slices_fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe)
d=dim(nii_test); d; class(nii_test) #512 512 111
nii_test
NIfTI-1 format Type : nifti Data Type : 4 (INT16) Bits per Pixel : 16 Slice Code : 0 (Unknown) Intent Code : 0 (None) Qform Code : 2 (Aligned_Anat) Sform Code : 2 (Aligned_Anat) Dimension : 512 x 512 x 111 Pixel Dimension : 0.68 x 0.68 x NA Voxel Units : mm Time Units : sec
fname="output_3D_file"
writeNIfTI(nim=nii_test, filename=fname)
Error in if (!all([email protected]_[indices] > 0 & pixdim(object)[indices] > : missing value where TRUE/FALSE needed
「NA」が奇妙に見えるPixel Dimension:0.68 x 0.68 x NA「 – Christoph
@Christophはい、私はそれがどういう意味か、どのように修正しようとしているのかよく分かりませんが、 'str '@ pixdim:num [1:8] -1 0.682 0.682 NA 1 ...' –
私はパッケージを知らない。 'debug(package :: writeNIfTI)'と 'writeNIfTI(nim = nii_test、filename = fname)'を使ってみようと思います。誰もがエラーを知っていなければ、私はこの方法でそれを理解したいと思います。ありがとう、私はその道を進んでいくつもりです。(私はこの道を進む必要があるかもしれません。)http://stackoverflow.com/a/37432863/5784831 – Christoph