2017-01-18 10 views
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私が作成したNIfTIファイルを書き出しようとしています。 。。DICOM画像は、この例では、私はあなたがサンプルファイルをダウンロードする条項に同意する必要がwriteNIfTIエラー - if(!all(オブジェクト@ dim_ [インデックス]> 0&pixdim(オブジェクト)[インデックス]>:TRUE/FALSEが必要な場合にエラーが発生する

KaggleのデータサイエンスボウルからDICOM画像を使用していますが、それは「ステージ1」フォルダにここで見つけることができます:

https://www.kaggle.com/c/second-annual-data-science-bowl/data

pacman::p_load(oro.dicom, oro.nifti) 
all_slices_fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe <- readDICOM("stage1/fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe") 
nii_test <- dicom2nifti(all_slices_fb99a80cbb2f441bb90135bab5b029fe) 
d=dim(nii_test); d; class(nii_test) #512 512 111 
nii_test 
NIfTI-1 format 
    Type   : nifti 
    Data Type  : 4 (INT16) 
    Bits per Pixel : 16 
    Slice Code  : 0 (Unknown) 
    Intent Code  : 0 (None) 
    Qform Code  : 2 (Aligned_Anat) 
    Sform Code  : 2 (Aligned_Anat) 
    Dimension  : 512 x 512 x 111 
    Pixel Dimension : 0.68 x 0.68 x NA 
    Voxel Units  : mm 
    Time Units  : sec 
fname="output_3D_file" 
writeNIfTI(nim=nii_test, filename=fname) 
Error in if (!all([email protected]_[indices] > 0 & pixdim(object)[indices] > : 
    missing value where TRUE/FALSE needed 
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「NA」が奇妙に見えるPixel Dimension:0.68 x 0.68 x NA「 – Christoph

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@Christophはい、私はそれがどういう意味か、どのように修正しようとしているのかよく分かりませんが、 'str '@ pixdim:num [1:8] -1 0.682 0.682 NA 1 ...' –

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私はパッケージを知らない。 'debug(package :: writeNIfTI)'と 'writeNIfTI(nim = nii_test、filename = fname)'を使ってみようと思います。誰もがエラーを知っていなければ、私はこの方法でそれを理解したいと思います。ありがとう、私はその道を進んでいくつもりです。(私はこの道を進む必要があるかもしれません。)http://stackoverflow.com/a/37432863/5784831 – Christoph

答えて

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例外画素次元でNAによって引き起こされる

nii_test @ pixdim [4] <から1

が0.68、画素寸法を修正しますx 0.68 x 1

この手順でファイルを保存できました。

競争の幸運!

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