NrrdからNiftiへのファイル変換

Question

〜1000 .nrrdのファイルをNifit（.nii.gz）形式に変換しようとしています。私は3DSlicerのResampleScalarVectorDWIVolumeコマンドラインモジュールを使ってこの作業を行っています。しかし、このプロセスは本当に遅いです。私のシステム上の各ファイルを変換するのに約4分かかります。 私はこのようなコンバージョンにどのようなツールを使用しているのでしょうか？次のコードは、圧縮された 『nifti』形式にフォルダ内のすべての「.nrrd」ファイルを変換するために使用することができる

Answer 1

たとえば

import os 
from glob import glob 
import nrrd #pip install pynrrd, if pynrrd is not already installed 
import nibabel as nib #pip install nibabel, if nibabel is not already installed 
import numpy as np 

baseDir = os.path.normpath('path/to/file') 
files = glob(baseDir+'/*.nrrd') 

for file in files: 
#load nrrd 
    _nrrd = nrrd.read(file) 
    data = _nrrd[0] 
    header = _nrrd[1] 

#save nifti 
    img = nib.Nifti1Image(data, np.eye(4)) 
    nib.save(img,os.path.join(baseDir, file[-8:-5] + '.nii.gz')) 

、このスクリプトはbaseDirにabc.nrrdと​​ファイルを変換することになりますそれぞれabc.nii.gzとxyz.nii.gzになります。