bioinformatics

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bamファイルからの読み込み位置の抽出

私はいくつかのSNPを含むvcfファイルを持っています。これらのSNPがSNPを取得したbamファイルの読み込みに均等に分散されているかどうかを確認します。具体的には、読取り位置にSNPの数をプロットする必要があります。 これを実行するためのツールがあるかどうか、または私自身でスクリプトを書く必要があるかどうかは疑問です。もしそうなら、私はそれを行うことができるRのパッケージがありますか（私はRに

r perl bioinformatics 2012-03-13

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ヌクレオチドデータを抽出してTabDelimitedファイルに書き込むための.fastaシーケンスを読む

私が続行する前に、私はこれまでの私の以前の問題に読者を紹介したいと思っていました。 これらは年代順に、過去数日間の私の記事だった： How do I average column values from a tab-separated data...（解決） Why do I see no computed results in my output file?（解決）今 Using a .fast

perl bioinformatics base sequences fasta 2012-03-17

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どのように深度nのハッシュのハッシュを作成してトラバースすると、深さnの値は整数になりますか？

説明したデータ構造にサイズnのDNA配列を保存したい。各ハッシュは、ハッシュ値を持つキーC、G、A、Tを含むことができる。これらのハッシュ値はまったく同じ種類のハッシュです。ハッシュ値を持つC、G、A、Tの4つのキーを持ちます。 この構造は、nレベルのハッシュに対して一貫しています。しかし、ハッシュの最後のレベルは、レベル1からレベルnまでのシーケンスのカウントを表す整数値を代わりに持つことになり

perl hash bioinformatics 2012-03-20

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最大ギャップ長を使用するグローバルペアワイズ配列アラインメント3

2つのシーケンスを線形ギャップペナルティでグローバルにアライメントしようとしています。今のところ問題はまっすぐです。しかし、最大許容ギャップ長が---、BB 許可されているが、 Aを---- B ACDDABB AA例えば3である ADCCCBではありません許可されます。 私の質問は、この問題の再帰関係をどのように構築できるかです。私は分子生物学のシニアであり、私の教授が示唆したように私はバイオイ

java algorithm sequence dynamic-programming bioinformatics 2012-04-01

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Pythonでsubprocess.callを使用しているマルチファイルstdin（bowtie用）

私は、スクリプトのためにpythonでsubprocess.call演算子を使用するのが面倒な問題に直面しています。 パイプラインプログラム（bowtie）を複数回実行してから、さまざまな方法で出力を使用する必要があります。そのために、私はsubprocess.callを使用しています。 問題は、bowtieが入力ファイル2つとインデックスとテキストファイルを取り込み、それらの両方をstdinパラ

python bioinformatics subprocess 2012-04-03

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あなたは完全一致を確認するためにblastnを使用することはできますか？

は、私は、クエリがマッチした、どこでされた被写体に知っておく必要があり、そしてこの試合は100％でなければなりません。 blastallを使ってこれを行う方法はありますか？ ありがとうございました。

bioinformatics blast 2012-04-04

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C：parse char配列を文字で区切り、数字を整数に変換する

配列アライメントプログラム（これはバイオインフォマティクスプロジェクト）によって作成された文字列に問題があります。私は、整列ファイルを解析する既存のCプログラムに追加の機能を追加しようとしていますが、プログラムが作成する「ミスマッチ」文字列の解析にいくつかの問題があります。コンテキストを追加するには、アラインメントストリングの例を次に示します。 example = "28G11AC10T32";

c string bioinformatics atoi 2012-04-06

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エコデータをグループ化するR

私はいくつかのエコデータ（ダイエット）を見ていて、プレデターでグループ化する方法を試しています。私はデータを抽出して、各捕食者の各捕食者の体重を見ることができるようにしたいと思います。つまり、Predator 117によって食べられた各種の平均体重を計算します。私のデータは以下の通りです。 Predator PreySpecies PreyWeight 1 114 10 4.2035496

r bioinformatics 2012-04-06

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コンセンサス配列の助けを借りて

私はこのスコアリング機能を働かせるのが難しいです。私のプログラムの目的は、t×n行列を作り、コンセンサス配列を見つけることです。 私はエラーを取得しておいてください。 TypeError: 'int' object is not subscriptable. 任意の助けをいただければ幸いです。 def Score(s, i, l, dna): t = len(dna) # t = num

python bioinformatics 2012-03-05

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テキストファイルからDNA配列を読み取ってCの配列に格納する方法は？

C言語のテキストファイルからDNA配列を読み取り、それを配列に格納し、各ヌクレオチド位置から始まる所定の長さのすべての部分文字列を抽出する方法は？ 例えば配列= 3サブストリングの長さがあれば、テキストファイル cctgatagacgctatctggctatccaggtacttaggtcctctgtgcgaatctatgcgtttccaaccat 全ての出発位置 のすべてのサブストリングに次のよう

bioinformatics dna-sequence 2012-03-06

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