あなたは完全一致を確認するためにblastnを使用することはできますか？

Question

は、私は、クエリがマッチした、どこでされた被写体に知っておく必要があり、そしてこの試合は100％でなければなりません。 blastallを使ってこれを行う方法はありますか？

ありがとうございました。

Answer 1

あなたは100％にマッピング精度を制限することはできませんが、非常に非常に小さなE値を使用し、すなわち-evalue引数を使用してE値に厳密性を向上させることができます。

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

これは8列どこで表形式で出力を返します。それに加えて、対象のIDまたは登録番号だけでなく、マッピングをバック返すようにすると、このようなカスタムの出力形式を使用することができます座標： qaccクエリアクある、saccは、対象アクは、sseqidは、対象SEQ-ID、evalueはqstart、位置合わせのためのE値であり、qendクエリ開始され、エンド・マッピングは、アライメント及びsstartとsend被写体開始座標位置合わせのための座標マッピングを終了する。例えば一緒にすべてを置くblastnコール：

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send" 

blastn -helpはあなたのカスタム出力形式の詳細オプションを提供します。