lmeからの分散成分を抽出する

Question

私は、温度1または温度2のいずれかで飼育された異なる遺伝子型の個体における所定の形質（TRAIT1）の測定値を有する。私は、遺伝子型（ランダム効果）と温度（温度が遺伝子型と交差する）が私の形質とそれらの間の相互作用に及ぼす影響について試験したい。次に、分散成分を抽出する必要のあるTRAIT1の遺伝性を計算したいと考えています（遺伝子型内と遺伝子型間）。 これは私が実行したモデルです。

glm2<-lme(TRAI1 ~ temperature * genotype,random=~1|genotype, data=x) 

をしかし、私は出力から分散成分を抽出するために知っていない：

> summary(glm2) 
Linear mixed-effects model fit by REML 
Data: x 
     AIC  BIC logLik 
    37778.39 37817.32 -18883.2 

Random effects: 
Formula: ~1 | genotype 
     (Intercept) Residual 
StdDev: 7.201168 11.22449 

Fixed effects: TRAI1 ~ temperature * genotype 
         Value Std.Error DF t-value p-value 
(Intercept)   137.39825 1.7585819 4655 78.13014 0.0000 
temperature   -0.72913 0.0614889 4655 -11.85787 0.0000 
genotype    -0.01086 0.0033006 198 -3.29095 0.0012 
temperature:genotype 0.00021 0.0001156 4655 1.85912 0.0631 
Correlation: 
        (Intr) tmprtr gentyp 
temperature   -0.794    
genotype    -0.864 0.688  
temperature:genotype 0.687 -0.866 -0.795 

Standardized Within-Group Residuals: 
     Min   Q1   Med   Q3   Max 
-3.59940153 -0.64226045 -0.03134888 0.60768582 4.54919777 

Number of Observations: 4857 
Number of Groups: 200 

誰もがこれで私を助けてくださいもらえますか？

Answer 1

nlmeパッケージはVarCorr()抽出機能を持っている：

library(nlme) 
fm2 <- lme(distance ~ age + Sex, data = Orthodont, random = ~ 1|Subject) 
(v <- VarCorr(fm2)) 
## Subject = pdLogChol(1) 
##    Variance StdDev 
## (Intercept) 3.266784 1.807425 
## Residual 2.049456 1.431592 

しかし、str(v)または単純にあなたがしなければならないので、値を抽出しようとすると、これは残念ながら文字行列であることが表示されますをしようとしてas.numeric()同様に：

as.numeric(v[,"Variance"])