タンパク質構造の可視化

Question

タンパク質構造を視覚化するために、タンパク質構造を得るためにユーザーがpdbファイルを開くRasMolのようなものを求められました。

私はどのようにpdbファイルからタンパク質構造を生成することができますか？

私はPythonでコーディングし、OpenGLまたはVTKを使用して構造を視覚化したいと思いますか？この点で私を助けてくれる他のモジュールはありますか？

Answer 1

pymolには、Pythonインターフェイスがあります。

Hereはあなたがpymolsサイトから無料でPYMOLを得ることができ、学生としてのビュー

と対話する方法にスクリプトPYMOLの初心者チュートリアルを持っています。また、Gohlkeでは、32ビットと64ビットのWindowsとPython 2.6-2.7用のインストーラが用意されています。

Answer 2

私はPymolがSchrödingerから購入する必要があるため、もう無料ではないと思います。フリープログラムの カップル： - JMOL（悪い!!使用しないことをあなたは他の選択肢を持っていない場合を除く） - PYMOL（あなたがアカデミックしている場合） - Yasara - ディスカバリースタジオ（Accelrys社） - のRasMol（ノー長期維持） - 軌道を視覚化するための最良のプログラムであるVMD。非常に強力ですが、私はそれを使ったことはありません。

すべてのスクリプトでスクリプトを実行できるかどうかわかりません。

私はPyMolで多くの作業を行いましたが、いくつかのプラグインを行いました。唯一の制限は、それをビューアとして使うことができるということです。たとえば、アトムをクリックして情報を取得することはできません。

幸運

Answer 3

キメラhttp://www.cgl.ucsf.edu/chimera/別のビューアです。私はそのライセンスがpymolよりも柔軟性があると思う。

あなた自身で作成していますか？私は、これらの答えのほとんどがあなたの視聴者の実装を指していると思います。幸いですが、私はそれが多くの仕事を取ると思います。