ダウングレードRのバージョンとRのパッケージBioconductor

Question

こんにちは皆、私は現在Bioconductor v2.13のdebianサーバーでR 3.0.2を実行しています。私の質問は簡単ですが、インターネットで検索しても明確な答えは得られませんでした。

どのようにすればR 3.0.2からダウングレードできますか？ R 2-15に？

私はR 3.0.2を維持しているので、Bioconductorをv2.12にダウングレードするにはどうすればよいですか？

は

が

Answer 1

一般的に、BioconductorはRの特定のバージョンで動作するように設計され、事前にありがとう、そうR.の新しいバージョンでBioconductor（または任意のRパッケージ）の古いバージョンを使用して関連付けられた保証はありませんBioconductorのBioconductorパッケージに関する質問をする方が良いでしょう。おそらく、あなたの現在のBioconductorの設置に何らかの問題があり、あなたが本当にやっていることは、問題を解決することだと言えます。

installed.packages()のLibPathを確認し、.libPaths()の出力と比較してください。私は持っています

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1) 
                affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
> .libPaths() 
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library" 

良いニュース！私のBiocパッケージはすべて特定のライブラリに入っています。私はその後、その後、明示的に私が使用したいBiocInstallerパッケージ、例えばのバージョンをインストール

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R 

、例えば、.libPathsはBIOC 2.12パッケージ用の新しい場所を指すとRを開始する（ ?.libPathsを参照）

を手配することができ通常のように、

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc") 

およびlibrary(BiocInstaller); biocLite()です。私のBioconductorパッケージはRのホームディレクトリにインストールされている場合

、その後、私はremove.packages()の代わり.libPaths()の設定をいただきたい、または私はBiocInstaller::biocValid()を実行し、「あまりにも新しい」パッケージを元に戻すための指示に従ってくださいと思います。