R/BioconductorのIRangesオブジェクトから値を抽出する

Question

私は、rtracklayerパッケージのimport.bw（）を使用してUにUCSCアライナビリティトラックをインポートしましたが、必要な値にアクセスできません。例えば

：私は、染色体とベースを提供して、その位置にある値を返すようにしたいです。

私のオブジェクトがAL100と呼ばれている：私はchrosomeと位置を指定し、スコアを取り戻す機能をしたい

> al100 
RangedData with 21591667 rows and 1 value column across 25 spaces 
      space    ranges |  score 
     <factor>   <IRanges> | <numeric> 
1   chr1  [10001, 10014] | 0.002777778 
2   chr1  [10015, 10015] | 0.333333343 
3   chr1  [10016, 10026] | 0.500000000 
4   chr1  [10027, 10031] | 1.000000000 

。私は1つのまたは2つの値をしたい場合、これは簡単ですが、私はルックアップするために700万を持っているとき、ループは仕事に行くのではありません。 1つのクエリにつき4/5秒で、それはオプションではない約10ヶ月です。

は例えば、CHR 1、位置10011が（xは染色体と位置のリストを含む別のオブジェクトである）値0.002777778を返します

私がこれまでに見つけた唯一の方法は、私の立場ならば依頼することです同等以上の開始よりも、および/または同等またはそれに等しい、または範囲の端よりも小さいです。あまりよくない。

再現例えば

score(al100["chr1"])[ which(start(al100["chr1"]<=x$POS[1])) & end(al100["chr1"]<=x$POS[1])) ] 

Answer 1

library(rtracklayer) 
example(import.bw) 
gffRD 

> head(gffRD, 3) 
RangedData with 3 rows and 7 value columns across 1 space 
            space  ranges |  type  source 
           <factor> <IRanges> | <factor>  <factor> 
1 Escherichia_coli_K-12_complete_genome [ 337, 2799] |  CDS glimmer/tico 
2 Escherichia_coli_K-12_complete_genome [2801, 3733] |  CDS glimmer/tico 
3 Escherichia_coli_K-12_complete_genome [3734, 5020] |  CDS glimmer/tico 
    phase strand  note  shift  score 
    <factor> <factor> <character> <numeric> <numeric> 
1  NA  +   NA  NA 5.347931 
2  NA  +   NA  NA 11.448764 
3  NA  +   NA  NA 6.230648 

が間マッピングするfindOverlapsを使用し、次に関心

roi <- GRanges("Escherichia_coli_K-12_complete_genome", 
       IRanges(c(337, 3734), width=1)) 

の領域を定義与えます210とroi

olaps <- findOverlaps(gffRD,roi) 
df <- DataFrame(seqnames=seqnames(roi)[subjectHits(olaps)], 
       start=start(roi)[subjectHits(olaps)], 
       Score=score(gffRD)[queryHits(olaps)]) 

olapsは

> olaps 
Hits of length 2 
queryLength: 14 
subjectLength: 2 
    queryHits subjectHits 
    <integer> <integer> 
1   1   1 
2   3   2 

データフレームが4/5を取る1つの底部でのコードブロック

> df 
DataFrame with 2 rows and 3 columns 
           seqnames  start  Score 
            <Rle> <integer> <numeric> 
1 Escherichia_coli_K-12_complete_genome  337 5.347931 
2 Escherichia_coli_K-12_complete_genome  3734 6.230648