Snakemakeスクリプトでのargparseの使用

Question

snakemakeスクリプトにカスタムコマンドライン引数を渡すことはできますか？私は試しましたが、​​でSnakefileを実行すると、エラーsnakemake: error: unrecognized arguments: -zzになります。以下はスクリプト例です。

import argparse 

def get_args(): 
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Compares Illumina and 10x VCFs using RTG vcfeval') 

    # required main arguments 
    parser.add_argument('-zz', metavar='--filename', dest='fn', help='Filename', required=True) 

    # parse arguments 
    args = parser.parse_args() 

    fn = args.fn 
    return fn 

fn = get_args() 

rule test_1: 
    input: 
     fn + "/example.txt" 
    shell: 
     "echo Using file {input}" 

Answer 1

引数をコマンドラインから渡すのはpossible using --configです。たとえば：snakefileスクリプトで

snakemake --config zz="filename"

、これはこのように使用することができます。

rule test_1: 
    input: 
     fn + config['zz'] 
    shell: 
     "echo Using file {input}" 

See the doc詳細は。