Snakemake：ラッパーコマンドのロギング

Question

ラッパーによって実行されたコマンドをどのように記録できるかわかりません。 "snakemake -p"と "snakemake -D"の両方が実際に実行されたコマンドを表示していません。

ラッパーを使用して作成したコマンドを記録するには、どのような方法が最適ですか？だから、

乾杯、 セブ

Answer 1

は、現在、-pは、実際にスクリプトやラッパーに伝播されません。しかし、私はコード内でこれを変更しました。今後のリリース4.0では、snakemake -pで必要なものを提供します。

ラッパーは、単一のシェルコマンドを実行する以上のことが多いことに注意してください。ラッパーのソースコード全体は、それぞれのページのラッパー記述で見つけることができます。たとえば、についてはこちらbwa mem：https://snakemake-wrappers.readthedocs.io/en/stable/wrappers/bwa/mem.html#code