snakemakeクラスタコマンドのブラケットの問題

Question

次のコマンドでawk cfnclusterでsnakemake 4.0.0を使用しています。

rule fastq_to_counts: 
input: fastql="/shared/dbGAP/sras2/fastq.gz/{sample}_1.fastq.gz", fastqr="/shared/dbGAP/sras2/fastq.gz/{sample}_2.fastq.gz" 
output: "/shared/counts/{sample}" 
shell: '/shared/packages/sailfish-master/bin/sailfish quant -i /shared/packages/gencode26/gencode26 -l IU -p 1 -1 <(zcat {input.fastql}) -2 <(zcat {input.fastqr})  --output {output}' 

ヘッドノードで正常に動作しますが、ヘッドノードに送信すると次のエラーが発生します。

/shared/packages/sailfish-master/bin/sailfish quant -i /shared/packages/gencode26/gencode26 -l IU -p 1 -1 <(zcat /shared/dbGAP/sras2/fastq.gz/xxx.fastq.gz) -2 <(zcat /shared/dbGAP/sras2/fastq.gz/xxx.fastq.gz)  --output /shared/counts/SRR1075530 
/bin/sh: 1: Syntax error: "(" unexpected 
Error in job fastq_to_counts while creating output file /shared/counts/xxx. 

RuleException：

問題は、 "SH" コマンドが "（" は、/ binに/ bashのを使用するようにsnakemakeを強制的にどのような方法があり 感謝の "bashism" をサポートしていないということでしょうか？

Answer 1

解決策がsnakefileに以下を追加していることが判明しました。 shell.executable（ 'bash'）