SnakemakeでRライブラリをグローバルにロードする

Question

現在Snakemakeを使用してNGSパイプラインを構築しており、Rライブラリのロードに関する問題があります。私のルールで呼ばれるスクリプトのいくつかは、Rライブラリのロードを必要とします。私はそれらをグローバルにロードする方法がないので、Rスクリプトの中にロードされます。もちろん、いくつかの個々の入力ファイルに対して同じルールセットを実行しているときは、冗長な計算時間です。

複数のルールを実行するために1つのRセッションを保持し、必要なすべてのライブラリを事前にロードする方法はありますか？

乾杯、 zuup

Answer 1

私は恐れていませんよ。これは、（a）ローカルシステム（Python GILを回避する）と（b）クラスタシステム（ノードを分離するようにスケジューリングする）のパフォーマンス上の理由があります。 ローカルマシン上にソリューションがあっても、並列ジョブ間でセッションが共有されないように注意する必要があります。その時間を本当に保護する必要がある場合は、それらのスクリプトをマージすることをお勧めします。