snakemakeの `run`ブロックをリセットします。

Question

は例えば、私はPythonスクリプトsnakemake.pyあります

from snakemake import snakemake 

cfg={'a':'aaaa', 'b':'bbbb', 'c': 'cccc'} 
snakemake(
     'Snakefile', 
     targets=['all'], 
     printshellcmds=True, 
     forceall=True, 
     config=cfg, 
     # configfile=config, 
     keep_target_files=True, 
     keep_logger=False) 

Snakefileを次のようになります。私はpython snakemake.pyを実行すると

print(config) 
print('------------------------------------------------------------------------------------------') 
rule a: 
    output: 
     'a.out' 
    shell: 
     "echo %s ; " 
     "touch {output[0]}" % config['a'] 
rule b: 
    output: 
     'b.out' 
    shell: 
     "echo %s ; touch {output[0]}" % config['b'] 
rule c: 
    output: 
     'c.out' 
    run: 
     print(config['c']) 
     import os 
     os.system('touch ' + output[0]) 

rule all: 
    input: 
     'a.out', 'b.out', 'c.out' 

、私はエラーに会った：

{'a': 'aaaa', 'c': 'cccc', 'b': 'bbbb'} 
------------------------------------------------------------------------------------------ 
Provided cores: 1 
Rules claiming more threads will be scaled down. 
Job counts: 
     count jobs 
     1  a 
     1  all 
     1  b 
     1  c 
     4 

rule c: 
    output: c.out 
    jobid: 1 

{} 
------------------------------------------------------------------------------------------ 
KeyError in line 8 of /Users/zech/Desktop/snakemake/Snakefile: 
'a' 
    File "/Users/zech/Desktop/snakemake/Snakefile", line 8, in <module> 
Will exit after finishing currently running jobs. 
Exiting because a job execution failed. Look above for error message 

私が削除した場合c.outからrule allまでは、完全に正常に動作します。それはrunのブロックがリセットされたconfigのブロックをsnakemakeに渡して空にするように設定されているようです。それは奇妙な行動ではありませんか？回避策はありますか？

最新のOSXでsnackemakeバージョン3.11.2（anacondaのbiocondaチャンネルからインストール）を使用しています。

注： snakemakeコマンドラインsnakemake -p --keep-target-files all --config a="aaaa" b="bbb" c="cccc"を実行すると正常に動作します。したがって、これはAPIの問題のように見えます。

Answer 1

現在のSnakemakeのバージョンは何ですか？

私はsnakemake/3.11.2を使用していますが、あなたのスクリプトに問題はありません。

しかし、それぞれのルールののパラメータセクションがconfiguration parametersを呼び出す正しい方法であることを知る必要があります。

スクリプトでは、それは次のようにする必要があります：

rule a: 
    params: 
     name = config['a'] 
    output: 
     'a.out' 
    shell: 
     "echo {params.name} ; " 
     "touch {output}" 
rule b: 
    params: 
     name = config['b'] 
    output: 
     'b.out' 
    shell: 
     "echo {params.name} ;" 
     "touch {output}" 

rule c: 
    params: 
     name = config['c'] 
    output: 
     'c.out' 
    run: 
     print(params.name) 
     import os 
     os.system('touch ' + output[0])