2011-01-26 4 views
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私は時系列である2つの異なるデータセットを持っている場合、Pythonの2つのセット間の相関を見つける簡単な方法はありますか?私はPythonでyおよびzの相関を得る可能性がありますどのようにPythonの時系列における2つの変数の相関?

# [ (dateTimeObject, y, z) ... ] 
x = [ (8:00am, 12, 8), (8:10am, 15, 10) .... ] 

:と例えば

+0

NumPyまたはSciPy。 –

答えて

23

少し遅いです。 pandas(http://github.com/wesm/pandasとpandas.sourceforge.net)がおそらくあなたの最善の策です。私はそれを書いたので偏っていますが、

In [7]: ts1 
Out[7]: 
2000-01-03 00:00:00 -0.945653010936 
2000-01-04 00:00:00 0.759529904445 
2000-01-05 00:00:00 0.177646448683 
2000-01-06 00:00:00 0.579750822716 
2000-01-07 00:00:00 -0.0752734982291 
2000-01-10 00:00:00 0.138730447557 
2000-01-11 00:00:00 -0.506961851495 

In [8]: ts2 
Out[8]: 
2000-01-03 00:00:00 1.10436688823 
2000-01-04 00:00:00 0.110075215713 
2000-01-05 00:00:00 -0.372818939799 
2000-01-06 00:00:00 -0.520443811368 
2000-01-07 00:00:00 -0.455928700936 
2000-01-10 00:00:00 1.49624355051 
2000-01-11 00:00:00 -0.204383054598 

In [9]: ts1.corr(ts2) 
Out[9]: -0.34768587480980645 

特に異なるデータセットの場合は、ペアワイズ相関を計算します。また、NaN値も自動的に除外されます。

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Scipyは相関関数とstatisticsモジュールを持ってお勧めします。

from scipy import stats 
# Y and Z are numpy arrays or lists of variables 
stats.pearsonr(Y, Z) 
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これは、共分散行列または相関係数によって行うことができます。 http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.cov.htmlhttp://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.corrcoef.htmlはこれに関するドキュメント関数であり、前者はそれを使用するサンプルも付属しています(corrcoefの使用法は非常に似ています)。

>>> x = [ (None, 12, 8), (None, 15, 10), (None, 10, 6) ] 
>>> data = numpy.array([[e[1] for e in x], [e[2] for e in x]]) 
>>> numpy.corrcoef(data) 
array([[ 1.  , 0.99339927], 
     [ 0.99339927, 1.  ]]) 
1

使用numpyの:ここに取り込みに対する

from numpy import * 
v = [ ('k', 1, 2), ('l', 2, 4), ('m', 13, 9) ] 
corrcoef([ a[1] for a in v ], [ a[2] for a in v ])[0,1] 
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