hdf5

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私のPythonプログラムから呼び出されるC++共有ライブラリがあります。 C++のlibはOS Xでhomebrewを使ってインストールしたHDF5でコンパイルされているので、/usr/local/libにあります。さて問題は、私はまた、私は私のライブラリがうまくコンパイルとリンクさせることができ/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/Curre

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PyTablesまたはPyHDFを介して大きなテキストファイルをhdf5に読み込んでいますか？

私はSciPyを使っていくつかの統計を試みていますが、私の入力データセットは非常に大きく（〜1.9GB）、dbf形式です。 genfromtxtで配列を作成しようとすると、Numpyがエラーメッセージを返すほどファイルのサイズが大きくなります。（私は3GBのRAMを持っていますが、win32を実行しています）。すなわち： Traceback (most recent call last):

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2 hdf5ファイルとpytablesをマージする

ptrepackほとんどの場合、重複するパスを上書きまたは無視するオプションがあります。以下の例は、私が構造に入力ファイル1 / (RootGroup) '' /data_set_name (Group) 'group of images files' /data_set_name_Set (EArray(7913, 128)) '' /data_set_name/image_set_in

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MATLABで行ベクトルをHDFに保存するにはどうすればよいですか？私は時に何らかの理由

は、MATLABでhdf5writeメソッドが自動的に列ベクトルに私の行ベクトルに変換され、それらを再読み込み： >> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',rand(1,10)); >> size(hdf5read('/tmp/data.h5','/data')) ans = 10 1 しかし、三次元の行ベクトルのために、それがうまく戻ってきま

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大規模なグリッドデータセットのストレージ

大規模なグリッドデータセットのための適切なストレージフォーマットを探しています。アプリケーションは気象学であり、（他の人とデータを交換するのに役立つ）このフィールド内で一般的なフォーマットを好むでしょう。私は特別なデータ構造を扱う必要はなく、Fortran APIが必要です。私は現在、HDF5、GRIB2、NetCDF4を検討中です。これらの形式はデータ圧縮の点でどのように比較されますか？彼らの

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hdf5時系列でのクエリの実行方法

H5TB APIを使用して、hdf5ファイルのテーブルとして（等距離ではない）時系列を格納します。 time channel1 channel2 0.0 x x 1.0 x x 2.0 x x このような「詳細データ」の挿入もあります： time channel1 channel2 0.0 x x 1.0 x x 1.2 x x 1.4 x x 1.

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RとHDF5のトラブル

私はhdf5をRにロードしていくつかの問題に遭遇しようとしています。ここで私は私の環境を設定するために要した手順です。からMacPortsの hdf5_1.6.9.tar.gzを介してインストール Mac OS XのR 2.10.0（x64）の10.6 HDF5 1.8.3 CRAN 私はHDF5の私のバージョンとRモジュールが期待しているバージョンの非互換性に関連していると私は思っています。完全

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hdf5saveで保存すると、読み取り不能なファイルが作成される

Rを使用してHDF5ファイルとして配列を保存しようとしていますが、運がない。問題を試して診断するために、私はexample(hdf5save)を実行しました。これで、私は容易にh5dumpで読むことができるHDF5ファイルを作成しました。私は手動でRコードを実行したとき、動作しなかったことがわかりました。実行したコードは、サンプルスクリプトで実行されたものとまったく同じでした（上書きを避けるた

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MATLAB：.MATのバージョンとの違い以下

official documentation状態：。しかし、私は、上記の表に記載されている以外の重要な違いがあることに気付きました。：MATLABにおけるメモリの 176メガバイトを占めている約6000の要素を持つセル配列を保存たとえばは、私が-v7または-v7.3を使用するかどうかに応じて、以下の結果を私に与えます -v7で：ファイルサイズ= 15メガバイト、および&負荷を保存するには、

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Windows 7でスレッドセーフなHDF5 1.8.7を構築する

Visual Studio 10でHDF5 1.8.7をソースからビルドするのは非常に困難です。ライブラリにスレッドセーフティ機能を追加する必要があります。 FAQによるとv1.8.6で追加されましたが、デフォルトではオンになっていませんでした。私は手動で/ windows/srcと/ srcフォルダの両方のh5pubconf.hファイルに "#define H5_HAVE_THREADSAFE