cheminformatics

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私は、chEMBL 22データベースで利用可能なFDA認可の薬物にスマイルコードを使用しています。私はpackage rcdkを使用していると私はこのコードを使用しています： library(rcdk) dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T) smi <-lapply(as.character(dat1$CA

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指紋の代わりに化学構造検索にINCHIを使用することができます

私はINCHIのメインレイヤー、チャージレイヤー、ステレオケミカルレイヤー（INCHIストリング）を使用して化学分子構造検索（類似性検索と部分構造検索）ほとんどのアプリケーションは、類似性検索またはサブ構造検索を行うための化学的フィンガープリントを対象としています。化学物質の指紋（daylightまたは他の指紋のようなもの）で利用可能なINCHIにはないもの

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regexpを使用して化学式の水素数を特定するにはどうすればよいですか？

化学式中の水素原子の数を特定するのに、どの表現を使用しますか？例えば： C40H51N11O19 - 51水素 C2HO - 1水素 CO2 - ない水素（空）任意の提案？ありがとうございます！乾杯！ follwowing桁とHと一致します

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列入力出力表現

オートエンコーダ私は分子オートエンコーダ..を見てみたんだ、私たちは、化合物https://arxiv.org/pdf/1610.02415.pdf の勾配ベースの最適化を補間して行うことができます紙は、入力を受け取り、文字列（テキスト表現を微笑その後、変分的なエンコーダを使用して2D潜在空間にマッピングします。ヘキサン-3-オール「CCCC（O）CC」スペース120文字に彼らパッド短い文字列紙

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pubchemからモノアイソトピック質量に一致するsdfファイルを抽出

私は、特定の正確な質量とその正確な質量の10ppmの範囲で一致する化合物のsdf形式で化学構造を抽出しようとしています（exactmass-cmpndmass/exactmass）* 10^6。これを実現する方法は、pubchemに接続するpythonまたはjavaプログラミング言語を使用します。

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化合物の切断された構造を削除する

私は3つの異なる化学物質ファイルをアプリケーションに1つずつアップロードしています。各ファイルには化合物のSMILEが含まれていますが、タグ名は異なります。ファイルを読み込んでIAtomContainerストリームを作成しています。私はストリームから切断された構造を削除したいと思います。 SMILESを手動でチェックする代わりに、削除する方法はありますか？私はcdk 1.5.13を使用しています。

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いくつかのノードがパスから禁止されている、セットノードから他のすべてのノードへの最短経路の計算

私はPythonで次のものを実装したいと思います。このタイプの最短経路問題に適したモジュールがありますか？私はXYZの指定されたコレクション内のすべての他の原子（ノード）に特定の原子（ノード）から最短経路を定義しようとしてい 3次元化学構造（グラフ）座標。原子（ノード）間の結合は、ノードからノードへの移動が許されるエッジである。私は、選択された中央ノードから外への接続性に基づいて分子（グラフ）か