rcdk RパッケージがSMILESコードの指紋を計算できない

Question

私は、chEMBL 22データベースで利用可能なFDA認可の薬物にスマイルコードを使用しています。私はpackage rcdkを使用していると私はこのコードを使用しています：

library(rcdk) 

dat1<-read.csv("chembl_22_drug_export.txt",sep="\t",header=T) 
smi <-lapply(as.character(dat1$CANONICAL_SMILES),parse.smiles) 
cmp.fp<-vector("list",nrow(dat1)) 

## generate fingerprints 
for (i in 1:nrow(dat1)){ 
    cmp.fp[i]<-lapply(smi[[i]][1],get.fingerprint,type="maccs") 

} 

##Convert fingerprints to matrix form 
fpmac<-fp.to.matrix(cmp.fp) 
cmp.finger<-as.data.frame(fpmac) 

をしかし、私は

smi <- lapply(as.character(chembl_22_drug_export$CANONICAL_SMILES), parse.smiles) 

を行うとき、私は次のようなエラー

Error in .jnew("org/openscience/cdk/smiles/SmilesParser", dcob) : 
    Java Exception <no description because toString() failed>.jnew("org/openscience/cdk/smiles/SmilesParser", dcob)<S4 object of class "jobjRef"> 

が親切にどのように私はこの問題を解決するか私を導い取得しますエラー？

Answer 1

rcdkパッケージがインストールされていないとエラーが発生します。 rJavaパッケージ要件によるフォールト・ロードのためにエラーが発生しました。 rcdkパッケージには7以上のjdkが必要です。 JAVA_HOMEをエコーし​​、言語とともにロケールを更新します。環境変数を更新する必要があります。 Java環境を更新したら、Rを閉じてRコンソールを再起動します。覚えておいてください：rcdkパッケージは指紋とrJavaとしてライブラリをサポートする必要があります。