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私が使用するHPCでopen_dataarrayを使用してNetCDFファイルを読み込むのがなぜSegmentation fault (core dumped)であるのか理解しがたいです。しかし、私がを使ってファイルを読むと、それはうまく動作します。python-xarray：open_dataarray HPCのセグメンテーションフォルト
これをさらに調べてみると、私が問題を抱えていると思われるNPacファイル（サブセクション）です。
- WaveWatchIIIがファイル
- エキス7月出力：
$ncks -d time,0,30 in.nc out.ncはHPC - 抽出変数にout.nc開くことができます。
$ncks -v hs in.nc out.ncはHPC にout.nc開くことはできますが、ここで私は、ファイルを生成するために要した手順です
- ドメインの抽出：
$ncks -d longitude,100.0,290.0 -d latitude,0.0,65.0 in.nc out.ncHPCでout.ncを開くことはできませんが、Macではout.ncを開くことができます。
この問題は初めてのことであり、NetCDFファイルのドメインのプロパティによるものだと思います。私はそれもバージョンと関係があるかもしれないと思いますか？私は、HPCの重労働の大部分を行い、テストや理解のために私のMacを使用しているので、HPCでこれを動作させるといいですね。
のNetCDFファイルはHPCオンhere
ncdump -h ww3.Hs.July.NPac.nc
netcdf ww3.Hs.July.NPac {
dimensions:
time = UNLIMITED ; // (31 currently)
latitude = 66 ;
longitude = 191 ;
variables:
short hs(time, latitude, longitude) ;
hs:long_name = "significant height of wind and swell waves" ;
hs:standard_name = "sea_surface_wave_significant_height" ;
hs:globwave_name = "significant_wave_height" ;
hs:units = "m" ;
hs:_FillValue = -32767s ;
hs:scale_factor = 0.002f ;
hs:add_offset = 0.f ;
hs:valid_min = 0 ;
hs:valid_max = 32000 ;
float latitude(latitude) ;
latitude:units = "degree_north" ;
latitude:long_name = "latitude" ;
latitude:standard_name = "latitude" ;
latitude:valid_min = -90.f ;
latitude:valid_max = 90.f ;
latitude:axis = "Y" ;
float longitude(longitude) ;
longitude:units = "degree_east" ;
longitude:long_name = "longitude" ;
longitude:standard_name = "longitude" ;
longitude:valid_min = -180.f ;
longitude:valid_max = 180.f ;
longitude:axis = "X" ;
double time(time) ;
time:long_name = "julian day (UT)" ;
time:standard_name = "time" ;
time:units = "days since 1850-01-01T00:00:00Z" ;
time:conventions = "relative julian days with decimal part (as parts of the day)" ;
time:axis = "T" ;
// global attributes:
:WAVEWATCH_III_version_number = "4.18b" ;
:WAVEWATCH_III_switches = "NC4 F90 NOGRB NOPA LRB4 SHRD PR3 UQ FLX0 LN1 ST4 STAB0 NL1 BT1 DB1 MLIM TR0 BS0 IC0 REF0 XX0 WNT1 WNX1 CRT1 CRX1 O0 O1 O2 O3 O4 O5 O6 O7 O11 O14 TRKNC" ;
:SDS4\ namelist\ parameter\ WHITECAPWIDTH = 0.3f ;
:product_name = "ww3.199307.nc" ;
:area = "Indian Ocean Pacfic 1 degree" ;
:latitude_resolution = " 1.0000000" ;
:longitude_resolution = " 1.0000000" ;
:southernmost_latitude = "-70.0000000" ;
:northernmost_latitude = "65.0000000" ;
:westernmost_longitude = "20.0000000" ;
:easternmost_longitude = "295.0000000" ;
:minimum_altitude = "-12000 m" ;
:maximum_altitude = "9000 m" ;
:altitude_resolution = "n/a" ;
:start_date = "1993-07-01T00:00:00Z" ;
:stop_date = "1993-07-31T00:00:00Z" ;
:history = "Sat Dec 2 17:53:06 2017: ncks -O -d longitude,100.0,290.0 -d latitude,0.0,65.0 /projects/rsmas/kirtman/rxb826/WW3exps/IO_Pac_CCSM4/CCSM4_19930701_19940630_1a1/work/ww3.Hs.July.nc /projects/rsmas/kirtman/rxb826/WW3exps/IO_Pac_CCSM4/CCSM4_19930701_19940630_1a1/work/ww3.Hs.July.NPac.nc\nSat Dec 2 17:53:06 2017: ncks -O -v hs /projects/rsmas/kirtman/rxb826/WW3exps/IO_Pac_CCSM4/CCSM4_19930701_19940630_1a1/work/ww3.July.nc /projects/rsmas/kirtman/rxb826/WW3exps/IO_Pac_CCSM4/CCSM4_19930701_19940630_1a1/work/ww3.Hs.July.nc\nSat Dec 2 17:53:05 2017: ncks -O -d time,0,30 /projects/rsmas/kirtman/rxb826/WW3exps/IO_Pac_CCSM4/CCSM4_19930701_19940630_1a1/work/ww3.19930701_19940630.nc /projects/rsmas/kirtman/rxb826/WW3exps/IO_Pac_CCSM4/CCSM4_19930701_19940630_1a1/work/ww3.July.nc\nFri Nov 4 13:50:57 2016: ncrcat -O -o tmp.nc ww3.199307.nc ww3.199308.nc ww3.199309.nc ww3.199310.nc ww3.199311.nc ww3.199312.nc ww3.199401.nc ww3.199402.nc ww3.199403.nc ww3.199404.nc ww3.199405.nc ww3.199406.nc" ;
:nco_openmp_thread_number = 1 ;
:NCO = "4.3.7" ;
をダウンロードすることができます。
私のMac上で$ nc-config --version
netCDF 4.2.1.1
>>> xr.show_versions()
INSTALLED VERSIONS
------------------
commit: None
python: 3.6.3.final.0
python-bits: 64
OS: Linux
OS-release: 2.6.32-431.el6.x86_64
machine: x86_64
processor: x86_64
byteorder: little
LC_ALL: None
LANG: en_US.UTF-8
LOCALE: en_US.UTF-8
xarray: 0.10.0
pandas: 0.20.2
numpy: 1.13.1
scipy: 0.19.1
netCDF4: 1.2.4
h5netcdf: None
Nio: None
bottleneck: 1.2.1
cyordereddict: None
dask: 0.16.0
matplotlib: 2.0.2
cartopy: 0.15.1
seaborn: None
setuptools: 27.2.0
pip: 9.0.1
conda: 4.3.30
pytest: None
IPython: None
sphinx: None
>>> xr.open_dataarray('ww3.Hs.July.NPac.nc')
Segmentation fault (core dumped)
：
$ nc-config --version
netCDF 4.4.1
xr.show_versions()
INSTALLED VERSIONS
------------------
commit: None
python: 3.6.3.final.0
python-bits: 64
OS: Darwin
OS-release: 17.2.0
machine: x86_64
processor: i386
byteorder: little
LC_ALL: en_US.UTF-8
LANG: en_US.UTF-8
LOCALE: en_US.UTF-8
xarray: 0.10.0
pandas: 0.20.1
numpy: 1.12.1
scipy: 1.0.0
netCDF4: 1.2.4
h5netcdf: None
Nio: None
bottleneck: 1.2.1
cyordereddict: None
dask: 0.16.0
matplotlib: 2.1.0
cartopy: 0.15.1
seaborn: 0.8.1
setuptools: 36.2.7
pip: 9.0.1
conda: 4.3.29
pytest: 3.2.0
IPython: 6.2.1
sphinx: 1.5.6
In [10]:xr.open_dataarray('ww3.Hs.July.NPac.nc')
Out[10]:
<xarray.DataArray 'hs' (time: 31, latitude: 66, longitude: 191)>
[390786 values with dtype=float64]
Coordinates:
* latitude (latitude) float32 0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 ...
* longitude (longitude) float32 100.0 101.0 102.0 103.0 104.0 105.0 106.0 ...
* time (time) datetime64[ns] 2013-07-01 2013-07-02 2013-07-03 ...
Attributes:
long_name: significant height of wind and swell waves
standard_name: sea_surface_wave_significant_height
globwave_name: significant_wave_height
units: m
valid_min: 0
valid_max: 32000
また、 'nc-config --version'を使ってnetcdfライブラリのバージョンをチェックしますか？ –
ありがとうございます。それはHPCの古いバージョンです。私はそれをアップグレードし、それが影響を与えるかどうかを見ることができます。私は 'nc-config'がxarrayから独立していると思ったのですが？ –
実際、 'xarray'には静的にリンクされたnetcdf libが必要です。しかし、 'nc-config'によって明らかにされたものは、' ncks'が使用しているものと同じである可能性が高いです。 –