HPCノードR HPCノードに最新のRバージョンをインストールする/入手する

Question

高性能クラスタを使用してローカルディレクトリに最新バージョンのRを設定しようとしていますので、ジョブをサブミットするときに、割り当てられたノードは最新のRバージョンを使用します。 HPCでは

、私local/binのドライブは、しかし、我々はとsetup.bashスクリプトを調達することになっているジョブ送信とノード割り当てのための指示の下でR.

の最新バージョンを持っているに制限されていますRバージョン3.3.2（最新ではない）。

setup.bashファイルを見て、最新のRバージョンでノードをセットアップできるように、Rライブラリのエクスポートを設定するローカルバージョンの作成に興味があります。

case $PATH in 
*/usr/usc/R/3.3.2/bin*) 
    ;; 
*) PATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin:$PATH 
    ;; 
esac 

case "${LD_LIBRARY_PATH:-}" in 
*/usr/usc/R/3.3.2/lib64/R/lib*) 
    ;; 
    *) LD_LIBRARY_PATH=/usr/usc/R/3.3.2/lib6/R/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:$LD_LIBRARY_PATH} 
    ;; 
esac 

if [ -n "${MANPATH:-}" ]; then 
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/share/man:$MANPATH 
elif [ -x /usr/bin/manpath ]; then 
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man:$(manpath) 
else 
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man 
fi 
export LD_LIBRARY_PATH MANPATH 

setup.bshスクリプトは、Rバイナリエイリアスを$ PATH、$ LD_LIBRARY_PATH、および$ MANPATHに設定します。

ローカルディレクトリでこれを模倣し、代わりにHPCでRの新しいバージョンを使用するノードを設定できますか？

権限に問題があるかどうかはわかりません。

ローカルのHPCディレクトリに特定のRバージョンをコンパイルしていますが、これがソースになりますが、これはHPCで許可されていますか？ 〜

Answer 1

セットアップスクリプトのソースを設定したら、設定を上書きするだけです。単にそれは事をしなければならない、あなたのR

$WHERE_YOUR_R_IS/bin/R 

を実行し、その後

export PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/bin:${PATH} 
export LD_LIBRARY_PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/lib:${LD_LIBRARY_PATH} 

に確認してください。

：

「私は私の地元のHPCディレクトリ上の特定のRバージョンをコンパイルして、それを調達しますが、これはHPC上で許可されている場合、私の質問がある〜？」

HPCの一部であるすべてのノードからディレクトリにアクセスできる場合は、ここでは問題はありません。なぜそれは禁じられるべきですか？試してみてください。