Mathematicaに複数の3Dオブジェクトを同じ3Dボックスに配置する

Question

私は、MathematicaのListPlot3Dによって作成された3Dサーフェスを持っています。サーフェス自体は比較的平面で、任意の平面xyにあります。私は、この表面を、ChemicalData関数から生成された分子または.pdbまたは他の分子入力から入力された分子の上に置きたいと思います。この分子もまた平面であり、xy平面内に再び配置される。私はこれらの2つの3Dオブジェクトをz距離だけ分離したいと思います。

最終的な希望は、3Dで回転可能なこの平面分子の上に置かれる可能性のあるエネルギー表面を持つことです。私はShow and Graphics 3Dオプションを使って成功していません。表面上のx、y点は、3D分子上のx、y点に対応しますが、必要に応じて簡単に拡大縮小および移動できます。最後の手段として、私は原子のx、y、z座標を入力し、PointListPlot3Dコマンドを使用して分子の外観を模倣することができますが、これはもっと複雑であるようです。

可能な別のアプローチは、3Dオブジェクトの両方が3Dボックスに変換され、単純に互いの上に積み重ねられた場合です。しかし、mathematicaではまだこの機能が見つかりませんでした。誰にどのようにこれを行うにはどのようなアイデアがありますか？

PES = ListPlot3D[{{0., 0., -2.04900365`},..., {0., 0.3, -2.05743098`}}] 
Show[Graphics3D[ChemicalData["Benzene","MoleculePlot"]],PES] 

問題は分子のスケール対エネルギー表面のスケールでした。

単位は、私が知る限り、ピコメートル単位です。しかし、原子の距離は3％ずれているようです。

このアップデートでは、分子のxyz座標を取って手を生成する方がはるかに簡単になりました。しばらくお待ちしていますが、私はあなたが状態であると信じています。

ChemicalData["Benzene","MoleculePlot"] 

Mathematicaは形式を表示します。これらの多くを行う場合は、かなり単純なPythonスクリプトを作成することができます。

Answer 1

Szabolcsが言ったことは、私もあなたの質問から何も得られなかったのですか？

Show[Graphics3D[ 
    Rotate[ChemicalData["Caffeine", "MoleculePlot"][[1]], 
    45 Degree, {1, .5, 0}]], 
Plot3D[-200 + 50 Sin[x*y/10000], {x, -100 Sqrt[3*Pi], 
    100 Sqrt[3*Pi]}, {y, -100 Sqrt[3*Pi], 100 Sqrt[3*Pi]}, 
    ColorFunction -> "TemperatureMap"], Axes -> True] 

Answer 2

ListPlot3Dあなたが他のGraphics3Dオブジェクトとそれを組み合わせることができるはずですので...、すべてが同じになっているが

lp = ListPlot3D[ RandomReal[{}, {50, 3}], Mesh -> None]; 
sp = Graphics3D[Sphere[]]; 
Show[sp, lp, Boxed -> False] 

をGraphics3Dオブジェクトを返します。サイズは挑戦になります...