領域をカットオフに基づいてより小さい領域に分割する

Question

これはやや単純なプログラミング問題を想定していますが、私はそれに苦労しています。ほとんどの場合、私は使用する正しい言葉を知らないので、おそらく？

"範囲"（1-aの数字のセット、2-IRanges、または3-GenomicRangesの形式）が与えられた場合、私はそれをより小さな範囲のセットに分割したいと思います。

例始まっ：休憩の

Chr Start  End 
1  1  10000 
2  1  5000 

例サイズ：2000は

新しいデータセット：

Chr Start End 
1  1  2000 
1  2001 4000 
1  4001 6000 
1  6001 8000 
1  8001 10000 
2  1  2000 
2  2001 4000 
2  4001 5000 

私はR.でこれをやっている私は知っているが、私は単純にこれらを生成することがありましたseqですが、新しいリストのリストがあるたびに手作業で行うのではなく、リージョンのリスト/ dfに基づいてそれを実行できるようにしたいと思います。これは、構築されたものがある場合、私は思ったんだけど、うまく動作しますそれらを介して22本の染色体、ループを考えると

と作品

# initialize df 
Regions <- data.frame(Chromosome = c(), Start = c(), End = c()) 
# for each row, do the following 
for(i in 1:nrow(Chromosomes)){ 
    # create a sequence from the minimum start to the max end by some value 
    breks <- seq(min(Chromosomes$Start[Chromosomes$Chromosome == i]), max(Chromosomes$End[Chromosomes$Chromosome == i]), by=2000000) 

    # put this into a dataframe 
    database <- data.frame(Chromosome = i, Start = breks, End = c(breks[2:length(breks)]-1, max(Chromosomes$End[Chromosomes$Chromosome == i]))) 

    # bind with what we already have 
    Regions <- rbind(Regions, database) 
    rm(database) 
} 

に、それぞれを破る：ここ

は、私は、配列を使用して作った例ですこれは制限があるので、これを1ライナーまたはより柔軟なものとして既に実行しているパッケージに入れてください。ここでは、R/BioconductorパッケージGenomicRangesを使用して

Answer 1

はあなたの最初の範囲

​​

があり、その後、ゲノム全体にスライディングウィンドウを作成し、リストとして最初の（染色体あたりのタイルの1つのセット）を生成し、その後、非上場フォーマットのためにあなたは、あなたの質問にas(df, "GRanges")かas(unlist(tiles), "data.frame")とdata.frameへ/から

> windows = slidingWindows(rngs, width=2000, step=2000) 
> unlist(windows) 
GRanges object with 8 ranges and 0 metadata columns: 
     seqnames  ranges strand 
     <Rle>  <IRanges> <Rle> 
    [1]  1 [ 1, 2000]  * 
    [2]  1 [2001, 4000]  * 
    [3]  1 [4001, 6000]  * 
    [4]  1 [6001, 8000]  * 
    [5]  1 [8001, 10000]  * 
    [6]  2 [ 1, 2000]  * 
    [7]  2 [2001, 4000]  * 
    [8]  2 [4001, 5000]  * 

    ------- 
    seqinfo: 2 sequences from an unspecified genome; no seqlengths 

強要を持っています。

?"slidingWindows,GenomicRanges-method"（タブ補完は、?"slidingW<tab>）でヘルプを検索してください。

厄介なことに、これはGenomicRangesの'devel' version（v。1.25.93？）にのみ実装されているようです。 tileは同様のことを行いますが、GRangesの幅にまたがってほぼ同じになるように範囲の幅を丸めます。ここでのアプローチが有用である場合は、Bioconductor support siteにフォローアップの質問を検討し

> windows(rngs, 2000) 

として呼び出さ貧しい人のバージョン

windows <- function(gr, width, withMcols=FALSE) { 
    starts <- Map(seq, start(rngs), end(rngs), by=width) 
    ends <- Map(function(starts, len) c(tail(starts, -1) - 1L, len), 
       starts, end(gr)) 
    seq <- rep(seqnames(gr), lengths(starts)) 
    strand <- rep(strand(gr), lengths(starts)) 
    result <- GRanges(seq, IRanges(unlist(starts), unlist(ends)), strand) 
    seqinfo(result) <- seqinfo(gr) 
    if (withMcols) { 
     idx <- rep(seq_len(nrow(gr)), lengths(starts)) 
     mcols(result) = mcols(gr)[idx,,drop=FALSE] 
    } 
    result 
} 

です。