iranges

7熱

1答えて

Rleベクターから効率的にGRanges/IRangesを構築する

私は、ゲノム上のすべての位置でいくつかの値を順番に表すランレングスコード化ベクトルを持っています。おもちゃの例として、私は長さ10のただ1つの染色体を持っていた、そして私はグランジオブジェクトにこれを強制したい library(GenomicRanges) set.seed(1) toyData = Rle(sample(1:3,10,replace=TRUE)) ように見えるベクトルを

r bioinformatics bioconductor run-length-encoding iranges 2016-08-30

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2熱

1答えて

領域をカットオフに基づいてより小さい領域に分割する

これはやや単純なプログラミング問題を想定していますが、私はそれに苦労しています。ほとんどの場合、私は使用する正しい言葉を知らないので、おそらく？ "範囲"（1-aの数字のセット、2-IRanges、または3-GenomicRangesの形式）が与えられた場合、私はそれをより小さな範囲のセットに分割したいと思います。 例始まっ：休憩の Chr Start End 1 1 10000 2

r bioinformatics bioconductor iranges 2016-09-12

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