PythonからRパッケージTSdistを実装する

Question

私はpython jupyterノートブックからRパッケージTSdistを実装しようとしています。

import rpy2.robjects.numpy2ri 
from rpy2.robjects.packages import importr 
rpy2.robjects.numpy2ri.activate() 

R = rpy2.robjects.r 
## load in package 
TSdist = importr('TSdist') 
## t,c are two series 
dist = TSdist.ERPDistance(t.values,c.values,g=0,sigma =30) 
## dist is a R Boolean vector with one value 
dist[0] 

これは私にNAを与え、私は警告だ：

/usr/lib64/python3.4/site-packages/rpy2/rinterface/ のinitの.py：186： をRRuntimeWarning：エラー：シリーズはどれ単変量ベクトル

warnings.warn（X、RRuntimeWarning）

でなければなりません適切に実装する方法のアイデア？または、離散フーリエ変換（DFT）、自動回帰係数、実距離（EDR）の編集距離を使用して、Pythonパッケージとの時系列類似度を測定する方法。方法は、this紙に記載されています。

Answer 1

おそらく2つのオブジェクトがメソッドに渡されている理由が考えられます。系列平均をとし、パンダ系列を呼び出すと、valuesを呼び出すと、numpyの配列が返されます。 docsでは、ERPDistanceには配列ではなく数値ベクトルが必要です。

print(type(pd.Series(np.random.randn(5)))) 
# <class 'pandas.core.series.Series'> 

print(type(pd.Series(np.random.randn(5)).values)) 
# <class 'numpy.ndarray'> 

は、単にベースRと数値ベクトルとして、一連のキャストやrpy2のFloatVector使用を検討してください：

from rpy2.robjects.packages import importr 

R = rpy2.robjects.r 
## load in package 
base = importr('base') 
TSdist = importr('TSdist') 

new_t = base.as_numeric(t.tolist()) 
print(type(new_t)) 
# <class 'rpy2.robjects.vectors.FloatVector'> 

new_c = rpy2.robjects.FloatVector(c.tolist()) 
print(type(new_c)) 
# <class 'rpy2.robjects.vectors.FloatVector'> 

## new_t, new_c are now numeric vectors 
dist = TSdist.ERPDistance(new_t, new_c, g=0, sigma =30)