Pythonコードからパッケージを含むRスクリプトを実行する

Question

私は現在、単純なRスクリプトを実行するための単純なPythonコードを作成しています。 Rスクリプトは約6行だけですが、パッケージ "pracma"を使用しています。 Pythonでsubprocessesモジュールを使用すると、スクリプトを実行しますが、典型的な "Error in library（pracma）"： 'pracma'というパッケージはありません。私は、非ベースパッケージがインストールされているRスクリプトを実行するための簡単なソリューションを探しています。私はあなたが何とかrpy2を使ってこれを行うことができることを知っていますが、pipを使ってインストールすることはできません。またAnaconda3も使用しています。

私はすべて、パッケージがインストールされたRスクリプトを実行する単純なパッケージが好きです。どんな助けでも大歓迎です。

これは私のPythonコードの関連部分です：

sp.run('Rscript Hausdorff.R', shell=True) 

bFile = open("HausdorffData/hausdorff.txt", "r") 
result = bFile.read() 
bFile.close() 
hausdorff_dist = float(result) 

return hausdorff_dist 

は、これは私のRスクリプトです：

library(pracma) 

setwd('HausdorffData') 

PointsA <- as.matrix(read.table("HFileA.txt", header = FALSE)) 
PointsB <- as.matrix(read.table("HFileB.txt", header = FALSE)) 

H = hausdorff_dist(PointsA, PointsB) 
write(H, file = "hausdorff.txt",ncolumns = 1, append = FALSE) 

これは、次のエラーを生成します。

Error in library(pracma) : there is no package called 'pracma' 
Execution halted 

Answer 1

おかげで@このためのディレッタント：

Rがこれを使わずにスクリプトを個別に実行できるような場合でも、RスクリプトをPythonなどから実行する場合は、スクリプトがライブラリのどのパスを認識しているかを確認する必要があります。コード：

.libPaths(dir\to\package) 

コードに作業ディレクトリの変更に関するその他の行がある場合は、ライブラリパスを変更しても影響を受けません。