PythonからRスクリプトを実行

Question

私は2つのプロットを作るRスクリプトを持っています。私はPythonからこのスクリプトを実行できるようにしたいと思います。

私が最初に試さ：

import subprocess 
subprocess.call("/.../plottingfile.R", shell=True) 

をこれは私に次のエラーを与える：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied 
126 

私が何数126手段を知りません。私のファイルはすべてデスクトップ上にあるので、特別な権限は必要ないと思いますか？私はこのエラーがcwd = noneと何か関係があったかもしれないと思ったが、私はこれを変更したが、まだエラーがあった。

subprocess.Popen(["R --vanilla --args </.../plottingfile.R>"], shell = True) 

をしかし、これはあまりにも私とエラーました：

次は私が次のことを試してみました

/bin/sh: Syntax error: end of file unexpected. 

最近、私が試した：

subprocess.Popen("konsole | /.../plottingfile.R", shell = True) 

これは新しいkonsoleのを開設しますRスクリプトは実行されませんでした。また、次のエラーが発生しました：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied 

ありがとうございました。

Answer 1

あなたはchmod u+x /pathTo/Rscript.Rを試しましたか？

Answer 2

最初にまず、あなたがアクセスできる場所にplatttingfile.Rスクリプトがあることを確認してください。通常は同じディレクトリです。

私はインターネットで、コマンドラインからRスクリプトを実行するために使用されるRScriptと呼ばれるユーティリティがあると読んでいます。ですから、このようなパイソンを使用するスクリプトを実行するために：

import subprocess 
retcode = subprocess.call(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R']) 

これが正常に完了した時にretcode 0を返します。あなたのplottingfile.Rが何らかの出力を返すならば、STDOUTにスローされます。それが何らかのGUIを引き上げるならば、それは起こります。

あなたがstdoutとstderrをキャプチャしたい場合は、このようにそれを実行します。

import subprocess 
proc = subprocess.Popen(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) 
stdout, stderr = proc.communicate() 

---

Answer 3

何かが私のために、通常は、この作品が好き：

subprocess.Popen("R --vanilla /PATH/plottingfile.R", shell = True) 

Answer 4

シェルエラー126が実行されますエラー。

アクセス許可が拒否されているということは、特に「アクセス許可の問題」があることを意味します。

ファイルに移動し、R/Pythonがアクセスできることを確認します。 私が最初にこれを試してみます：

$sudo chmod 777 /.../plottingfile.R 

コードが実行される場合は、それを正しいが、あまりアクセス許可を与えます。

これで解決しない場合は、RをRscriptに変更してみてください。