R：どのヒートマップ/画像で樹形図を持たない行ソートプロットを取得できますか？

Question

ヒートマップ/画像は行だけでソートするのに最適ですが、デンドログラムや他のビジュアルクラッターは表示されません（両方の軸にラベルが自動的に付いた2Dカラーグリッド）。私は、基本的な数値ソート以外にも、派手なクラスタリングは必要ありません。データは、視覚化したい範囲（0,0.21）の数値の39x10の表です。

私はSO（thisを参照）とRサイトを検索し、いくつか試しました。スクリーンショットと対応するパッケージの優れた検索可能なリストを見るには、R Graphical Manualをご覧ください。

パッケージの範囲が混乱しています。どちらがヒートマップですか（ggplot2など）。ここで私は今のところ出て見つけたものです：

• base::image - 悪い、軸には名前ラベル、無ソート/クラスタリング
• base::heatmap - オプションがはるかに分かり以下よりません：
• pheatmap::pheatmap - 素晴らしいが、 樹形図を無効にすることはできませんか？ （任意のハック？）
• ggplot2 people use geom_tile, as Andrie points out
• gplots::heatmap.2、refは - は、バイオテクノロジーの人が好む、しかし途中やり過ぎ私の目的のためにしているようです。 （ggplotへの 関係*や教授ウィッカム）
• plotrix::color2D.matplotも

base::heatmapが存在するが、それはまだ行の不要な樹形図をプロットしても引数heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE)で、迷惑ではありません。

は、今の私は pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE)、手動では、この男のように、私のテーブルを事前ソートで行くよ： Order of rows in heatmap?

補遺：display a matrix, including the values, as a heatmapを：参照、各セル内の値を表示します。私はそれを必要としませんでしたが、それは素晴らしいです。

Answer 1

がpheatmapを使用すると、オプションtreeheight_rowとtreeheight_colを使用することができますし、0

Answer 2

あなたが

library(bipartite) 
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3) 
rownames(mat)<-c("a","b","c") 
colnames(mat)<-c("a","b","c") 
visweb(mat,type="nested")