Rでapeパッケージを使用して樹形図を描くには？

Question

は私が〜200×200サイズの距離行列を持って、私のサイズは、プロットが表示されるように大きいR にAPEライブラリのBioNJオプションを使用して系統樹をプロットすることができませんでし 私は、視認性を向上させることができますどのような方法

Answer 1

つのオプション、あなたのデータが距離行列である場合、

set.seed(1)       # makes random sampling with rnorm reproducible 
# example matrix 
m <- matrix(rnorm(100), nrow = 5) # any MxN matrix 
distm <- dist(m)      # distance matrix 
hm <- hclust(distm) 
plot(hm) 

を使用してデータの距離行列を計算する必要がある場合は、あなたのデータ

を依存（正方行列でなければなりません！）

set.seed(1) 
# example matrix 
m <- matrix(rnorm(25), nrow=5)  # must be square matrix! 
distm <- as.dist(m) 
hm <- hclust(distm) 
plot(hm) 

もプロットをクラスタリングを使用しているときに200×200の距離行列が私に合理的なプロット

set.seed(1) 
# example matrix 
m <- matrix(rnorm(200*200), nrow=200)  # must be square matrix! 
distm <- as.dist(m) 
hm <- hclust(distm) 
plot(hm)