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1つのプロットdrcパッケージ内の複数用量応答曲線

2017-04-12 22 views
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私は3つの用量応答曲線を1つのプロットにプロットしようとしました。私は別のプロットでそれらをプロットすると、3つのすべての見栄えが良い。しかし、1つのプロットに3つの曲線をすべてプロットしようとすると、プロットが見えなくなります。私は、3つの用量応答曲線をすべて1つのプロット（マラチオン、クロルピリホスおよびモンココ（混合物））に重ねることを望む。1つのプロットdrcパッケージ内の複数用量応答曲線

3つの.csvファイルを使用して別々にプロットしました。ここに私のコードの簡略版があります。

Chemical mol average 
malathion 0 109.1966667 
malathion 0 124.0866667 
malathion 0 86.36833333 
malathion 0 123.3333333 
malathion 0 118.3233333 
malathion 0 139.64 
malathion 0 122.8033333 
malathion 0 127.9833333 
malathion 0 118.8433333 
malathion 0 130.1333333 
malathion 0 127.24 
malathion 0 119.51 
malathion 0 141.2266667 
malathion 0 125.68 
malathion 0 123.5366667 
malathion 0 122 
malathion 0.000330358 133.4433333 
malathion 0.000330358 112.4733333 
malathion 0.000330358 120.5766667 
malathion 0.000330358 102.3633333 
malathion 0.000330358 74.67466667 
malathion 0.000330358 117.3033333 
malathion 0.000330358 105.2426667 
malathion 0.000330358 114.63 
malathion 0.000991074 57.17633333 
malathion 0.000991074 64.67566667 
malathion 0.000991074 50.979 
malathion 0.000991074 47.312 
malathion 0.000991074 54.22833333 
malathion 0.000991074 58.531 
malathion 0.000991074 45.00266667 
malathion 0.000991074 54.13333333 
malathion 0.00330358 54.598 
malathion 0.00330358 53.67033333 
malathion 0.00330358 56.01466667 
malathion 0.00330358 55.562 
malathion 0.00330358 59.85133333 
malathion 0.00330358 61.17333333 
malathion 0.00330358 46.64166667 
malathion 0.00330358 56.25333333 
malathion 0.00991074 66.04766667 
malathion 0.00991074 68.837 
malathion 0.00991074 64.74533333 
malathion 0.00991074 67.00833333 
malathion 0.00991074 65.71433333 
malathion 0.00991074 69.91666667 
malathion 0.00991074 52.67133333 
malathion 0.00991074 59.523 
malathion 0.0165179 50.43466667 
malathion 0.0165179 66.44533333 
malathion 0.0165179 47.799 
malathion 0.0165179 55.241 
malathion 0.0165179 47.363 
malathion 0.0165179 32.58 
malathion 0.0165179 48.394 
malathion 0.0165179 51.04266667 
malathion 0.000165179 140.89 
malathion 0.000165179 127.57 
malathion 0.000165179 119.2633333 
malathion 0.000165179 140.9033333 
malathion 0.000165179 137.025 
malathion 0.000165179 95.405 
malathion 0.000165179 105.99 
malathion 0.000165179 124.0833333 
malathion 0.000660716 132.11 
malathion 0.000660716 94.111 
malathion 0.000660716 123.33 
malathion 0.000660716 121.45 
malathion 0.000660716 133.23 
malathion 0.000660716 137.6566667 
malathion 0.000660716 128.13 
malathion 0.000660716 109.88 
malathion 0.00991074 92.589 
malathion 0.00991074 95.95766667 
malathion 0.00991074 87.828 
malathion 0.00991074 95.15633333 
malathion 0.00991074 61.92833333 
malathion 0.00991074 91.07766667 
malathion 0.00991074 115.0333333 
malathion 0.00991074 106.3866667 
malathion 0.0330358 47.32933333 
malathion 0.0330358 60.303 
malathion 0.0330358 46.05066667 
malathion 0.0330358 50.382 
malathion 0.0330358 72.069 
malathion 0.0330358 72.218 
malathion 0.0330358 79.46466667 
malathion 0.0330358 72.38866667 
malathion 0 126.9333333 
malathion 0 121.67 
malathion 0 119.7866667 
malathion 0 122.5866667 
malathion 0 124.7966667 
malathion 0 115.89 
malathion 0 123.8833333 
malathion 0 110.0333333 
malathion 0.000165179 116.18 
malathion 0.000165179 124.2333333 
malathion 0.000165179 124.43 
malathion 0.000165179 120.91 
malathion 0.000165179 127.1433333 
malathion 0.000165179 124.5166667 
malathion 0.000165179 124.1233333 
malathion 0.000165179 123.2733333 
malathion 0.000330358 116.3966667 
malathion 0.000330358 113.8566667 
malathion 0.000330358 118.2233333 
malathion 0.000330358 117.65 
malathion 0.000330358 130.59 
malathion 0.000330358 116.99 
malathion 0.000330358 128.73 
malathion 0.000330358 132.2633333 
malathion 0.000660716 118.0866667 
malathion 0.000660716 120.8366667 
malathion 0.000660716 137.95 
malathion 0.000660716 140.8133333 
malathion 0.000660716 131.5766667 
malathion 0.000660716 128.4933333 
malathion 0.000660716 116.35 
malathion 0.000660716 116.0533333 
malathion 0.00991074 131.3766667 
malathion 0.00991074 127.97 
malathion 0.00991074 106.27 
malathion 0.00991074 128.51 
malathion 0.00991074 129.1933333 
malathion 0.00991074 129.11 
malathion 0.00991074 118.6566667 
malathion 0.00991074 133.2266667 
malathion 0.00330358 5.084333333 
malathion 0.00330358 9.403 
malathion 0.00330358 10.282 
malathion 0.00330358 16.41733333 
malathion 0.00330358 15.22466667 
malathion 0.00330358 17.05166667 
malathion 0.00330358 15.42333333 
malathion 0.00330358 10.96066667 
malathion 0.00991074 86.91966667 
malathion 0.00991074 112.6866667 
malathion 0.00991074 87.74533333 
malathion 0.00991074 93.30566667 
malathion 0.00991074 91.24 
malathion 0.00991074 68.36633333 
malathion 0.00991074 74.283 
malathion 0.00991074 89.56033333 
malathion 0.0330358 60.59233333 
malathion 0.0330358 65.98166667 
malathion 0.0330358 50.10833333 
malathion 0.0330358 59.64166667 
malathion 0.0330358 46.75333333 
malathion 0.0330358 37.527 
malathion 0.0330358 29.63333333 
malathion 0.0330358 56.50933333 
malathion 0.0991074 11.50933333 
malathion 0.0991074 17.16733333 
malathion 0.0991074 8.838666667 
malathion 0.0991074 5.438666667 
malathion 0.0991074 9.163 
malathion 0.0991074 3.631 
malathion 0.0991074 1.638333333 
malathion 0.0991074 1.594666667 
malathion 0.00330358 117.3933333 
malathion 0.00330358 124.8766667 
malathion 0.00330358 121.5266667 
malathion 0.00330358 106.29 
malathion 0.00330358 100.616 
malathion 0.00330358 112.72 
malathion 0.00330358 131 
malathion 0.00330358 110.1666667 
chlorpyrifos 0 87.22 
chlorpyrifos 0 103.88 
chlorpyrifos 0 104.28 
chlorpyrifos 0 96.05 
chlorpyrifos 0 113.14 
chlorpyrifos 0 90.72 
chlorpyrifos 0 130.55 
chlorpyrifos 0 111.65 
chlorpyrifos 0.000210354 83.69 
chlorpyrifos 0.000210354 97.03 
chlorpyrifos 0.000210354 113.9 
chlorpyrifos 0.000210354 95.06 
chlorpyrifos 0.000210354 99.65 
chlorpyrifos 0.000210354 93.03 
chlorpyrifos 0.000210354 64.27 
chlorpyrifos 0.000210354 95.64 
chlorpyrifos 0.000420708 75.39 
chlorpyrifos 0.000420708 68.27 
chlorpyrifos 0.000420708 92.03 
chlorpyrifos 0.000420708 67.73 
chlorpyrifos 0.000420708 64.54 
chlorpyrifos 0.000420708 66.24 
chlorpyrifos 0.000420708 56.03 
chlorpyrifos 0.000420708 56.3 
chlorpyrifos 0.000631062 53.95 
chlorpyrifos 0.000631062 61.66 
chlorpyrifos 0.000631062 76.73 
chlorpyrifos 0.000631062 63.99 
chlorpyrifos 0.000631062 71.53 
chlorpyrifos 0.000631062 38.4 
chlorpyrifos 0.000631062 35.21 
chlorpyrifos 0.000631062 57.29 
chlorpyrifos 0.000876475 46.82 
chlorpyrifos 0.000876475 42.93 
chlorpyrifos 0.000876475 38.22 
chlorpyrifos 0.000876475 38.99 
chlorpyrifos 0.000876475 59.17 
chlorpyrifos 0.000876475 63.59 
chlorpyrifos 0.000876475 27.61 
chlorpyrifos 0.000876475 41.05 
MONCOS 0 113.46 
MONCOS 0 111.54 
MONCOS 0 116.09 
MONCOS 0 115.64 
MONCOS 0 135.44 
MONCOS 0 125.96 
MONCOS 0 108.61 
MONCOS 0 131.08 
MONCOS 0 122.69 
MONCOS 0 130.61 
MONCOS 0 158.21 
MONCOS 0 123.18 
MONCOS 0 113.46 
MONCOS 0 135.9 
MONCOS 0 142.35 
MONCOS 0 113.97 
MONCOS 0 127.93 
MONCOS 0 116.1 
MONCOS 0 111.59 
MONCOS 0 124.31 
MONCOS 0 127.11 
MONCOS 0 113.73 
MONCOS 0 116.66 
MONCOS 0 137.15 
MONCOS 0 127.13 
MONCOS 0 121.27 
MONCOS 0 128.68 
MONCOS 0 130.41 
MONCOS 0 116.28 
MONCOS 0 129.29 
MONCOS 0 121.42 
MONCOS 0 116.84 
MONCOS 0 110.93 
MONCOS 0 117.59 
MONCOS 0 127.24 
MONCOS 0 116.13 
MONCOS 0 126.42 
MONCOS 0 129.3 
MONCOS 0 131.94 
MONCOS 0.001257384 114.46 
MONCOS 0.001257384 89.49 
MONCOS 0.001257384 109.67 
MONCOS 0.001257384 116.07 
MONCOS 0.001257384 95.3 
MONCOS 0.001257384 111.12 
MONCOS 0.001257384 101.84 
MONCOS 0.001257384 108.51 
MONCOS 0.00506257 61.56 
MONCOS 0.00506257 36.52 
MONCOS 0.00506257 11.65 
MONCOS 0.00506257 5.93 
MONCOS 0.00506257 3.64 
MONCOS 0.00506257 46.73 
MONCOS 0.00506257 66.11 
MONCOS 0.00506257 9.37 
MONCOS 0.012672943 8.52 
MONCOS 0.012672943 7.55 
MONCOS 0.012672943 6.79 
MONCOS 0.012672943 12.28 
MONCOS 0.012672943 5 
MONCOS 0.012672943 9.88 
MONCOS 0.012672943 6.95 
MONCOS 0.012672943 7.01 
MONCOS 0.012672943 22.44 
MONCOS 0.012672943 0.98 
MONCOS 0.012672943 3.76

log-logistic（3パラメータ）モデルを使用して、各用量反応曲線を別々にプロットしました。

これは私が今3つすべてを組み合わせたときの見方です。ここで

mixplot

は、私が使用したコードは（私は別に3つの.csvファイルを使用してファイルをプロット）である：

mc2005.LL3 <- drm(average~moles, data=MONCOS, fct = LL.3()) 
summary(mc2005.LL3) 
coeftest(mc2005.LL3) 

plot(mc2005.LL3, xlab=" moles", ylab="AChE activity percent of control",ylim=c(0,150), xlim=c(0, 0.1),type= "none", 
    cex=1.2, cex.axis=1.2, lwd=2) 

plot(m2005.LL3, add=TRUE, type="none", lty=2, lwd=2, cex=1.2, cex.axis=1.2, col="blue") 
plot(c2005.LL3, add=TRUE, broken=TRUE, type="none", lty=3, lwd=3, cex=1.2, cex.axis=1.2, pch=20, col="red")

私は私のオリジナルプロットの上部の漸近線を固定しようとしたが、それは常に低下しますパラメータは2になります。ように：

mc2005.LL3 <- drm(average~moles, data=MONCOS, 
     fct = LL.3(fixed=c(NA,NA,100), 
        names=c("slope","Lower Limit","Upper Limit"))) 
summary(mc2005.LL3) 

Model fitted: Log-logistic (ED50 as parameter) with lower limit at 0 (2 parms) 

Parameter estimates: 

         Estimate Std. Error t-value p-value 
slope:(Intercept)   1.7766   NA  NA  NA 
Lower Limit:(Intercept) 90.9511  6.1111 14.8829  0 

Residual standard error: 

49.64686 (64 degrees of freedom)

私は間違っているのか分かりません。誰かが私にヒントを与えることができますか？

出典

2017-04-12 VChu

+1

のすべてのパラメータは、あなたのデータのサンプルを提供してください提供コードを実行して実用的なソリューションを提供することができます。また、プロットをどのように見せたいかを具体的に説明してください（「ファンキーな」は私たちにはあまり意味がありません）。 – eipi10

+0

ありがとうございます。私は私の質問を編集しました。 – VChu

答えて

0

私はあなたがここで求めているものをちょっと混乱させましたが、別の方法ではなく、同じdrcモデル内の3つの線量応答曲線をプロットするだけでよいでしょう。なぜこのような違いがあるのか​​分かりません。

All.LL3 <- drm(average~mol, Chemical, data=MONCOS, fct = LL.3()) 
plot(All.LL3, xlab=" moles", ylab="AChE activity percent of control",ylim=c(0,150), 
xlim=c(0, 0.1),type= "none", 
cex=1.2, cex.axis=1.2, lwd=2, 
col = c("blue", "red", "black"))

Plot with all 3 curves added within same drc model

概要は、（あなたの質問に `dput（DATA_SAMPLE）`の出力を貼り付け）すべてのモデル

summary(All.LL3) 
Model fitted: Log-logistic (ED50 as parameter) with lower limit at 0 (3 parms) 

Parameter estimates: 

      Estimate Std. Error t-value p-value 
b:malathion 5.2482e-01 6.7714e-02 7.7505e+00 0.0000 
b:chlorpyrifos 1.4787e+00 5.0224e-01 2.9442e+00 0.0035 
b:MONCOS  2.0173e+00 4.4216e-01 4.5623e+00 0.0000 
d:malathion 1.2447e+02 4.5418e+00 2.7404e+01 0.0000 
d:chlorpyrifos 1.0546e+02 8.2997e+00 1.2706e+01 0.0000 
d:MONCOS  1.2377e+02 3.8917e+00 3.1804e+01 0.0000 
e:malathion 1.6541e-02 3.8954e-03 4.2462e+00 0.0000 
e:chlorpyrifos 6.9780e-04 1.2647e-04 5.5176e+00 0.0000 
e:MONCOS  2.9630e-03 4.7046e-04 6.2981e+00 0.0000 

Residual standard error: 

24.41421 (265 degrees of freedom)

出典

2017-09-07 16:02:27

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