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library(ROCR);
lig <- unique(read.table("ligands.txt")[,1]);
dec <- unique(read.table("decoys.txt")[,1]);
uniqRes <- read.table("file1.txt",header=T);
colnames(uniqRes)[1]="LigandName";
uniqRes$IsActive <- as.numeric(uniqRes$LigandName %in% lig)
predTOTALuq <- prediction(uniqRes$TOTAL*-1, uniqRes$IsActive)
perfTOTALuq <- performance(predTOTALuq, 'tpr','fpr')
jpeg("hivpr_Rinter_ROC.jpg")
plot(perfTOTALuq,main="hivpr - ROC Curves",col="blue")
abline(0,1,col="grey")
dev.off()
ここでは、1つのファイルからデータを取得して1つの曲線をプロットするためのコードです。 iは3 あなたが直接abline
またはcurve
を追加することができますので、同じグラフの複数の曲線をプロットするR
ligands.txtとdecoys.txtある最初の2つのファイルは同じ まま、実際に私は uniqRes <すなわち三つのファイル ために、このコマンドを変更したい - read.tableを( "FILE1.TXT "、ヘッダー= T)。uniqRes < - read.table( "file2.txt"、header = T);uniqRes < - read.table( "file3.txt"、header = T); – rtulip
ポイントとラインをプロットするだけですか? – myincas
ROCカーブの行だけ – rtulip