Rコードをデバッガでステップ実行できるようにパッケージをインストールするには？

Question

私はデバッガでそれを踏むことができるように、私はDESeq2パッケージをインストールしたいと思います。

このパッケージのソースコードはGitHubから入手できますが、デバッガでRコードをステップ実行できるようにパッケージをインストールする方法はわかりません。

これを行う方法はありますか？

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はところで、私はthis earlier threadで提案されたアプローチを試みたが、私はどこにも取得していない：

> trace(DESeq2::plotPCA, browser, at=1) 
> devnull <- DESeq2::plotPCA(rld, intgroup = "q", returnData = TRUE) 
Tracing DESeq2::plotPCA(rld, intgroup = "q", returnData = TRUE) step 1 
Called from: eval(expr, envir, enclos) 
Browse[1]> n 
debug: `{` 
Browse[2]> n 
debug: standardGeneric("plotPCA") 
Browse[2]> n 
> 

（Ieは、上記の最後のnた後、私はトップレベルのプロンプトに戻ってきました。）

私は私が得るすべては

> DESeq2::plotPCA 
nonstandardGenericFunction for "plotPCA" defined from package "BiocGenerics" 

function (object, ...) 
{ 
    standardGeneric("plotPCA") 
} 
<environment: 0x26bee20> 
Methods may be defined for arguments: object 
Use showMethods("plotPCA") for currently available ones. 

で、トップレベルのプロンプトで DESeq2::plotPCAを入力した場合

私もちょうどDESeq2::plotPCAが定義されているソースファイルを調達しようとしたが、これはそうはっきり1は、このファイルを調達する前に、いくつかの設定を行う必要がある

Error in setMethod("plotDispEsts", signature(object = "DESeqDataSet"), : 
    no existing definition for function ‘plotDispEsts’ 

で失敗します。この実現はこのポストにつながったものです。

Answer 1

signature=引数で使用debug()、例えば、

> showMethods("plotPCA") 
Function: plotPCA (package BiocGenerics) 
object="DESeqTransform" 

> debug(plotPCA, signature="DESeqTransform") 
Tracing specified method for function "plotPCA" in environment 
<namespace:BiocGenerics> 

特別なインストールは必要ない、ちょうどBiocInstaller::biocLite("DESeq2")。