PCAはRNAのためのprcompを使用しているR

Question

私はRの私のサンプルでPCAを行うためにデータを転置する必要があるのだろうかと思っていました。私は組み込み関数prcomp（）を使用しています。私のデータセットはRNA seq発現データであり、カラムはサンプルであり、ローは遺伝子発現である。いずれにしてもうまくいくようですが、行/列に何が含まれるべきかについてコンセンサスがありますか？ありがとう！

Answer 1

ほとんどの生物統計学的Rパッケージは、データフレームを転置することによってこれを行います。私はあなたに証明を与えます：

RUV SVD因子分解法はRNA-Seqでよく見られます。それのソースコードを見てください：

https://github.com/drisso/RUVSeq/blob/master/R/RUVg-methods.R

if(isLog) { 
    Y <- t(x) 
} else { 
    Y <- t(log(x+epsilon)) 
} 

xは、遺伝子のマトリクス表です。転置操作が見えますか？コードの後半で、パッケージはsvd関数に転置行列（Y）を与えます。

svdWa <- svd(...) 

生命などをより簡単にするために、列やサンプルを遺伝子に入れることができます。