グラフggordを使用した環境ベクトルのないPCA結果

Question

g Veggグラフィックパッケージを使用して、R VeganのPCA結果をプロットしています。

環境変数を追加せずにPCAグラフをプロットする必要があります。 R Veganでは、PCAは問題なくプロットすることができますが、ggordでは同じグラフが機能しません。 ggordドキュメンテーションの例には、PCAグラフ上にベクトルを描く環境データセットのコードが含まれています。私は環境ベクトルなしで、私がビーガンで作ることができるggordで同じ結果をグラフ化したいと思います。

私がしたいグラフの種類を生産するサンプルデータセット、使用して

ビーガンのコード、：それは環境が含まれていることを除いてggord documentationは、同じグラフを作成するために、同じデータセットを使用しています

ord<-rda(varespec, scale = TRUE) 
ord 
plot(ord, scaling=3) 

をデータセット：私は、環境（varechem）データなしでこのグラフを再作成しようとすると

data(varespec) 
data(varechem) 
ord <- rda(varespec, varechem) 
ggord(ord) 

ただし、Rは私にエラーを与える：

ord <- rda(varespec) 
ggord(ord) 

Error in names(obs)[1:2] <- axes : 
'names' attribute [2] must be the same length as the vector [ 

私もダミー変数を含めてみましたが、失敗して別のエラーが出ました。

dummy<-rep(0, 24) 
dummy<-as.data.frame(dummy) 

ord<-rda(varespec, dummy) 
ord 
ggord(ord) 

Error in ord_in$CCA$wa[, axes] : no 'dimnames' attribute for array 

Veganのように、ggordの環境データなしでこのグラフを作成することはできますか？もしそうなら、どうしたらいいですか？

Answer 1

入力することを忘れないでください。?ggordは、関数で使用できるオプションを見つけるのに最適です。

これを試してみてください：

library(vegan) 
library(ggord) 

data(varespec) 
data(varechem) 
names(varechem)<-NULL 
ord <- rda(varespec, varechem,scale=TRUE) 
ggo<-ggord(ord,arrow=NULL,ptslab=TRUE,obslab=TRUE) 
ggo 

は与える：