Rの列カウントGWASのためにそれを使用し始めたと私は迷っています

Question

行ごとにセル内の文字のインスタンスの数を数える方法を教えてもらえますか？私は並べ替える1000万snpsのファイルを持っています。

Direction 
?????+-+- 
?+-+-???? 
?-+-+??-+ 

上記は、私が持っている多くの列の1つの例です。私がしたいことは、「？」の数を数えることです。文字を各行に個別に追加し、その数を数値として新しい列を追加します。

私はこれで深いところに投げ込まれたトータルの初心者です。どんな助けもありがとうございます。

ありがとうございました。あなたのための

Answer 1

2つの答え

a <- data.frame(direction = c("?????+-+-", "?+-+-????","?-+-+??-+"), 
stringAsFactors = F) 
a$return <- lengths(regmatches(a$direction, gregexpr("\\?", a$direction))) 

やコメントどおり

a$return <- nchar(gsub("[^?]", "", a$direction)) 

の両方が

'data.frame': 3 obs. of 2 variables: 
$ direction: chr "?????+-+-" "?+-+-????" "?-+-+??-+" 
$ return : int 5 5 3 

を返すこれを行う方法のトンがあり、あなたが探しているものに依存しますために。

更新

それは基地Rではないかもしれないが、tidyverse内のパッケージは、データが論争のために有用であり、容易に数コール一緒に文字列に使用することができます。

install.packages("dplyr") 
library(dplyr) 
df <- data.frame(Direction = c("???????????-?", "???????????+?", "???????????+?", "???????????-?"), stringsAsFactors = F) 
df %>% 
    mutate(qmark = nchar(gsub("[^?]", "", Direction)), 
     pos = nchar(gsub("[^+]", "", Direction)), 
     neg = nchar(gsub("[^-]", "", Direction)), 
     qminus = qmark-(pos+neg), 
     total = nchar(Direction)) 


     Direction qmark pos neg qminus total 
1 ???????????-? 12 0 1  11 13 
2 ???????????+? 12 1 0  11 13 
3 ???????????+? 12 1 0  11 13 
4 ???????????-? 12 0 1  11 13 

データセットは、しかし千万ラインの長さであるならば、あなたはいくつかのベンチマークtestingに基づいてstringiを使用する場合があります。

install.packages("stringi") 
library(stringi) 
df %>% 
    mutate(qmark = stri_count(Direction, fixed = "?"), 
     pos = stri_count(Direction, fixed = "+"), 
     neg = stri_count(Direction, fixed = "-"), 
     qminus = qmark-(pos+neg))