適合モデルを操作/更新するときのソースデータへのアクセス方法

Question

複数のモデルを簡単に再構築できるようにいくつかの関数を記述しようとしていますが、評価木に深く入ったR 。 モデル内に数式環境を格納するための努力がなされたにもかかわらず、実際のデータオブジェクトを明白に指す方法はないと思います。 survfitを使用してサバイバルフィッティングを行う場合、これはさらに難しくなります。termsオブジェクトは内部に格納されません。

実際にデータ/式を毎回パラメータとして再入力する必要がありますか？

例：

# model-fitting wrapper function 
fn <- function(fn_formula, fn_data) { 
    lm(formula = fn_formula, data = fn_data) 
} 
# specify exemplary data and formula 
data <- data.frame(
    y = rnorm(100), 
    x1 = rnorm(100), 
    x2 = rnorm(100)) 
formula <- y ~ x1 

# try to create and update the fit with different parameters 
fn_fit <- fn(formula, data) 
update(fn_fit, ~ x2) 
# Error in is.data.frame(data) : object 'fn_data' not found 
terms(fn_fit) %>% attr('.Environment') 
# <environment: R_GlobalEnv> 
terms(fn_fit$model) %>% attr('.Environment') 
# <environment: R_GlobalEnv> 
getCall(fn_fit) 
# lm(formula = fn_formula, data = fn_data) 

Answer 1

データを格納する変数は、同じ名前でlm()とupdate()両方に同じ範囲にあるべきです。ないあなたが本当にあなたは、地球環境に使用することができます署名を作成する機能が必要な場合は、これは

fn <- function(fn_formula, fn_data) { 
    do.call("lm", list(fn_formula, data=substitute(fn_data))) 
} 
fn_fit <- fn(formula, data) 
update(fn_fit, ~ x2) 

をうまくいくようにビットは、あなたが本当にキャプチャしたかったそうでない場合は何かを行うことができ、達成しようとしているか確認してくださいその変数をローカル関数スコープで使用すると、適切な環境でヘルパーを作成して楽しく更新することができます。

fn <- function(fn_formula, fn_data) { 
    environment(fn_formula) <- environment() 
    lm(formula = fn_formula, data = fn_data) 
} 

fn_update <- function(object, ...) { 
    mc<-match.call(definition = update) 
    mc[[1]] <- quote(update) 
    eval(mc, envir=environment(terms(object))) 
} 

fn_fit <- fn(formula, data) 
fn_update(fn_fit, ~x2) 

Answer 2

[式]を渡したとき、[モデル]サブリストに格納されているアイテムは、必要なものだけでした。

> names(fn_fit$model) 
[1] "y" "x1" 

しかし、そのオブジェクトには 'data'または 'fn_data'という名前はありません。 MrFlick第二の提案はフレームの呼び出しツリー内の変更に対してより弾力的である：Rインタプリタのみ機能指定されたデータを見つけたので、エラーが発生し

> fn <- function(fn_formula, fn_data) { 
+ do.call("lm", list(fn_formula, data=substitute(fn_data))) 
+ } 
> fn_fit <- fn(formula, data); rm(data) # mess with the calling environment 
> update(fn_fit, ~ x2) 
Error in terms.formula(formula, data = data) : 
    'data' argument is of the wrong type 

。代わりに、2番目のオプションを展開する場合、あなたが得る：

> data <- data.frame(
+  y = rnorm(100), 
+  x1 = rnorm(100), 
+  x2 = rnorm(100)) 

> fn <- function(fn_formula, fn_data) { 
+ environment(fn_formula) <- environment() 
+ lm(formula = fn_formula, data = fn_data) 
+ } 
> 
> fn_update <- function(object, ...) { 
+ mc<-match.call(definition = update) 
+ mc[[1]] <- quote(update) 
+ eval(mc, envir=environment(terms(object))) 
+ } 

> 
> fn_fit <- fn(formula, data) ; rm(data) 
> fn_update(fn_fit, ~x2) 

Call: 
lm(formula = y ~ x2, data = fn_data) 

Coefficients: 
(Intercept)   x2 
    0.01117  -0.13004