Python：複数のコンセンサス配列

Question

dna配列のリストから始めれば、私はすべての可能なコンセンサス（各位置で最も高いヌクレオチド頻度を持つ 配列）のすべての配列を返さなければなりません。いくつかの位置でヌクレオチドが同じ最高頻度の を有する場合、私は最も高い頻度で全ての可能な組み合わせを得なければならない。 私はまた、プロファイル行列（各配列の各ヌクレオチドの頻度を持つ行列）を返さなければなりません。

これは、これまでの私のコードである（しかし、それは唯一のコンセンサス配列を返す）：

seqList = ['TTCAAGCT','TGGCAACT','TTGGATCT','TAGCAACC','TTGGAACT','ATGCCATT','ATGGCACT'] 
n = len(seqList[0]) 
profile = { 'T':[0]*n,'G':[0]*n ,'C':[0]*n,'A':[0]*n } 

for seq in seqList: 

    for i, char in enumerate(seq): 
     profile[char][i] += 1 



consensus = "" 
for i in range(n): 
    max_count = 0 
    max_nt = 'x' 
    for nt in "ACGT": 
     if profile[nt][i] > max_count: 
      max_count = profile[nt][i] 
      max_nt = nt 
    consensus += max_nt 
print(consensus) 
for key, value in profile.items(): 
    print(key,':', " ".join([str(x) for x in value])) 

TTGCAACT 
C : 0 0 1 3 2 0 6 1 
A : 2 1 0 1 5 5 0 0 
G : 0 1 6 3 0 1 0 0 
T : 5 5 0 0 0 1 1 6 

（あなたが見ることができるように、位置4で、CとGが同じ最高のスコアを持っている、それは私がしなければならないことを意味します

すべての可能なシーケンスを得るためにこのコードを修正することは可能ですか、または正しい結果を得るためにロジック（擬似コード）を説明できますか？

ありがとうございます！

Answer 1

私はより良い方法があると確信しているが、これは簡単なものである：

bestseqs = [[]] 
for i in range(n): 
    d = {N:profile[N][i] for N in ['T','G','C','A']} 
    m = max(d.values()) 
    l = [N for N in ['T','G','C','A'] if d[N] == m] 
    bestseqs = [ s+[N] for N in l for s in bestseqs ] 

for s in bestseqs: 
    print(''.join(s)) 

# output: 
ATGGAACT 
ATGCAACT