あいまいな塩基でコンセンサス配列を検索する

Question

私はパターンを検索したいと思う曖昧な塩基のコンセンサス配列を持っています。位置は3

Seq="ATGARTTTTTT" -- R is A or G 
Pattern="AGT" 

する必要があります起動し、私はそれを行うことができますSeqUtilsにnt_searchと呼ばれるツールを見つけましたが、シナリオ＃2に示すように、それは私の試合の座標を与えるものではありません。以下にその問題を示すためのテストをいくつか示します。

シナリオ＃1：いいえあいまいな塩基

from Bio import SeqUtils 
pattern="TAA" 
Seq="ATGTAAAGGAGG" 
m=SeqUtils.nt_search(Seq,pattern) 
print m 
['ACG', 3] 

シナリオ＃2：配列における曖昧塩基

pattern="AGT" 
Seq="ATGARTTTTTT" 
m=SeqUtils.nt_search(Seq,pattern) 
print m 
['AGT'] 

はシナリオ＃3：パターン

pattern="ART" 
Seq="ATGAGTTTTTT" 
m=SeqUtils.nt_search(Seq,pattern) 
print m 
['A[AG]T', 3] 

におけるあいまい塩基ソースnt_searchのコードはhereです。この例では、開始位置を取得するためにそれを微調整する方法がわかりません。

Answer 1

nt_searchのヘルプテキストはもっとはっきりしていますが、使用される正規表現と位置どんな試合でも例えばだから、

>>> from Bio.SeqUtils import nt_search 
>>> print(nt_search("ATGAGTTTTTT", "ART")) 
['A[AG]T', 3] 
>>> print(nt_search("ATGAGTTTTTTAGT", "ART")) 
['A[AG]T', 3, 11] 
>>> print(nt_search("ATGAGTTTTTTAGTTTTAAT", "ART")) 
['A[AG]T', 3, 11, 17] 

あなたが唯一の整数として最初の試合をしたい場合、あなたはリストから要素1を引き出す必要があります。

>>> from Bio.SeqUtils import nt_search 
>>> print(nt_search("ATGAGTTTTTTAGT", "ART")[0]) 
A[AG]T 
>>> print(nt_search("ATGAGTTTTTTAGT", "ART")[1]) 
3 

要素ゼロを使用する正規表現になります。

更新：あいまいなシーケンスに対する検索は（現在）サポートされていません（問題のシナリオ2）。一部では分かりやすい実装を定義するのが難しいと思います。例えば"NNN"のように、"AAA"、"ART"、"NNN"などの任意の3文字のクエリを使用すると、一致すると見なされます。