2016-07-11 3 views
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lmerTestは、分母自由度(ddf)のSatterthwaite推定を用いて、lmer混合モデル分析からp-valuesの推定を可能にするラッパーとして設計されています。しかしlmerTestが壊れているようです。現在、内部計算エラーがあり、lmerの結果(p-values)を返すというメッセージを返します。私はddfのKenward-Rogers推定を計算するためのDan Mirmanの優れたコードを使って、summary()関数からp-valuesを計算することができました。しかし、lmerモデルのanovaコールのp-valuesを計算するための同等のコードは見つかりません。私はちょうどanova() ddfを供給する必要があると思うが、私はそれを行う方法を理解することはできません。lmer便益分析からのp値の取得

この問題の解決策を提案できる人には、事前に感謝します。

ラリーHunsicker

答えて

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lmerTest何らかの計算誤差が(例えば例えば漸近分散共分散行列を計算するように)Satterthwaiteの近似値を得ることで発生するたびlme4パッケージのANOVA出力を返します。 lmerTestは壊れていませんが、Satterthwaiteの近似を計算できない場合があります。私の経験では、これは頻繁ではありません。

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私の謝罪、アレクサンドラ。私は問題がlatterTestではなく、Satterthwaiteの近似の計算にあることを理解しました。 –

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私は今も私の質問に対する答えを見つけました。 lmerTestパッケージのanova関数は、ddf(ddf = 'Ken')のKenwood-Roger近似を要求するオプションを与え、あなたのanovaの呼び出しが正確に私が探していたものを与えます。あなたのlmer関数でK-R ddf近似を要求する方法が見つかりませんでした。あなたのlmerでもK-Rを使う方法はありますか?そうでない場合、これはあなたのパッケージに良い追加かもしれません。 lmerTestに感謝します。 –

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anovaのためのKenward-Rogerの近似を使うには、anova(model、ddf = "kenw")を書いて、summary関数(summary、model、ddf = "kenw")と同様に書くことができます。 lmerTestパッケージは、pbkrtestパッケージのKenward-Rogerの近似の実装を使用します – Alexandra

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