snakemake：ルールを別のルールで間違ったモードで接続する

Question

同じsnakefileで2つのルール（gatk_Mutect2とgatk_IndelRealigner）を実行する必要があります。

これらのルールを別のスニークファイルに入れると、エラーなしで実行できます。

2つの入力関数（get_files_somaticとget_files）を使用します。両方とも辞書のキーとしてケース名を使用します。 （それぞれのケースは正常です）。 これらのルールを同じsnakefileに入れると、snakemakeは入力の法線のidをgatk_IndelRealignerで見つけようとします。

私の質問はどのように2つのルールのあいまいさを管理できますか？私はsnakemakeがこれらの2つのルールを接続しようとしないことを意味します。

def get_files_somatic(wildcards): 
    case = wildcards.case 
    control = aCondition[case][0] 
    return ["{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case),"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(control)] 

rule all: 
    input: expand("{sample}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",sample=create_tumor()), 
      expand("Results/vcf/{case}.vcf",case=create_tumor()), 

include_prefix="rules" 

include: 
    include_prefix + "/gatk2.rules" 
include: 
    include_prefix + "/mutec2.rules" 


rule gatk_Mutect2: 
    input: get_files_somatic, 
    output: "Results/vcf/{case}.vcf", 
    params: 
    log: "logs/{case}.mutect2.log" 
    threads: 8 
    shell: 

rule gatk_IndelRealigner: 
    input: 
     get_files, 
    output: 
     "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam", 
     "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bai", 
    params: 
    log: 
     "mapped_reads/merged_samples/logs/{case}_indel_realign_2.log" 
    threads: 8 
    shell: 

def get_files(wildcards): 
    case = wildcards.case 
    control = aCondition[case][0] 
    wildcards.control = control 
    return ["mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(case), "mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(control),"mapped_reads/merged_samples/operation/{}_{}.realign.intervals".format(case,control)] 

Answer 1

私は本当にあなたの問題を理解していません。例えば、私はあなたが「それぞれの事例は正常です」という意味を持っていません。

しかし、私はgatk_IndelRealigner（"{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam"）の出力は（caseがwildcards.caseある"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case)、）get_files_somaticの結果の一つとして同じファイル名であることを起こることがわかります。

これはgatk_Mutect2がgatk_IndelRealignerに「接続」する理由です。

入力と出力の間で一致するファイル名に基づいてルールを接続するのは、snakemakeの本質です。

これら2つのルールをリンクさせたくない場合は、別のファイル名を設定する必要があります。