Snakemake - ルール固有の方法でLSF（bsub）クラスタコンフィグをオーバーライド

Question

クラスタコンフィグレーションファイルのメモリとリソースのデフォルト設定を定義し、必要に応じてルール固有の方法でオーバーライドできますか？ルールのresourcesフィールドは、クラスタ構成ファイルに直接結びついていますか？それとも、読みやすさのためにフィールドparamsのための空想的な方法ですか？

以下の例では、rule aにデフォルトクラスタ設定を使用しますが、rule bにカスタム変更（memory=40000およびrusage=15000）を使用するにはどうすればよいですか？

cluster.json：

{ 
    "__default__": 
    { 
     "memory": 20000, 
     "resources": "\"rusage[mem=8000] span[hosts=1]\"", 
     "output": "logs/cluster/{rule}.{wildcards}.out", 
     "error": "logs/cluster/{rule}.{wildcards}.err" 
    }, 
} 

Snakefile：私はunderst

snakemake --cluster-config cluster.json 
      --cluster "bsub -M {cluster.memory} -R {cluster.resources} -o logs.txt" 
      -j 50 

：実行のための

rule all: 
    'a_out.txt', 'b_out.txt' 

rule a: 
    input: 
     'a.txt' 
    output: 
     'a_out.txt' 
    shell: 
     'touch {output}' 

rule b: 
    input: 
     'b.txt' 
    output: 
     'b_out.txt' 
    shell: 
     'touch {output}' 

コマンドクラスタ構成ファイルにルール固有のリソース要件を定義することは可能ですが、可能であればSnakefileで直接定義することをお勧めします。

これ以外にも、これを実装するより良い方法がある場合は、教えてください。

Answer 1

あなたが直接あなたのルールのそれぞれにresourcesを追加することができます。

rule all: 
    'a_out.txt' , 'b_out.txt' 

rule a: 
    input: 
     'a.txt' 
    output: 
     'a_out.txt' 
    resources: 
     mem_mb=40000 
    shell: 
     'touch {output}' 
rule b: 
    input: 
     'b.txt' 
    output: 
     'b_out.txt' 
    resources: 
     mem_mb=20000 
    shell: 
     'touch {output}' 

とコマンドラインがsnakefileを上書きしないように、その後、あなたは、あなたの.jsonからresourcesパラメータを削除する必要があります

new.cluster.json：

{ 
    "__default__": 
    { 
     "output": "logs/cluster/{rule}.{wildcards}.out", 
     "error": "logs/cluster/{rule}.{wildcards}.err" 
    }, 
}