スネークメークワークフロー用のSnakefileを作成しています。ワークフローの一環として、データベース内のレコードのセットが変更されたかどうか、またそれらのレコードを再ダウンロードしたかどうかを確認する必要があります。Snakefile（snakemake）で常にルールを実行する
私は、データベースのタイムスタンプをチェックし、それを出力ファイルに書き込むルールを書くことを考えました。タイムスタンプファイルをダウンロードルールの入力として使用します。問題は、タイムスタンプ・ファイルが書き込まれた後、タイムスタンプ・ルールが決して再び実行されないため、タイムスタンプが決して更新されないことです。
毎回このルールを実行する方法はありますか？ （私はシェルから強制することができますが、私はSnakefileで指定したいと思います）またはこれを処理する良い方法がありますか？
ルールや関数定義の外でSnakefileに追加するコードは、通常のPythonスクリプトと同様に起動時に実行されるため、外部シェルスクリプトは必要ありません。 Pythonで必要とするロジックをSnakefileに実装することができます。必要に応じてshell（）関数を使用します。
クラスタでワークフローを実行しようとすると、各クラスタジョブが実行されるたびにコードが実行されるという警告があります。
if '--nolock' not in sys.argv:
if check_database_for_updates():
os.utime('touch.file')
はその後、データベースから読み込んで自分のルールへのプロキシの入力としてtouch.file設定：これを回避するために、粗が、効果的な方法は、このようなチェックでそれを守ることです。それは理にかなっていますか？
TIM
v3.6.0以降、onstartハンドラは、ワークフローを開始する前に、常に何かを実行することができます。
Snakemake 3.6.0は、ワークフローを開始する前に実行される
onstartハンドラを追加します。ドライランはハンドラを起動させないことに注意してください。
ドライラン実行中にonstartが発生しないことは残念です。
同様に、onsuccessとonerrorハンドラを使用して、ワークフローの成功とエラーに応じて実行するものをトリガすることができます。