samtools

0熱

1答えて

は/ samtoolsは、新しいディレクトリになり

Iは、染色体の名前を変更するには、次のsedコマンドがあります。 for file in /myoldpath/*.bam; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; samtools view -H $file | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | samtools

sed samtools 2017-01-06

---

1熱

1答えて

BWAがローカルインデックスファイルを見つけることができません

現在、リファレンスゲノムを使用して読み込みをマップするために.fastaファイルをbwaにインポートしようとしています。しかし、私は現在、このエラーが発生しています： [E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files ヘルプがありますか？ここに私のコードは次のとおりです。 #!/bin/bash source /opt/a

bash bioinformatics fasta samtools 2017-06-04

---

14熱

2答えて

読み取りをキャッシュする方法は？

私はpython/pysamを使ってシーケンシングデータを解析しています。コマンドメイトのチュートリアル（pysam - An interface for reading and writing SAM files）では、 'この方法は高処理能力の処理には遅すぎます。読まれたものをそのメイトで処理する必要がある場合は、読まれた名前のソートされたファイルから作業するか、より良いキャッシュ読取りを行い

python caching bioinformatics samtools pysam 2015-12-16

---

0熱

2答えて

BASH別のファイルのある列からパイプされた値を使用してパイルアップファイルを再帰的に作成する

ファイル1とファイル2の2つのファイルからsamtoolsを使用してパイルアップファイルを作成しようとしています。 Iの形式次の名前付き44個のファイルを有し、その結果、染色体によりファイル1とfile2を分割しました： chr${c}.${TISSUE}_run1_en2hic_PE1.bam.sorted.bam.breaks_COL1_and_COL2_ONLY $ {C}は1と22の間

linux bash loops awk samtools 2017-12-31

---

-1熱

1答えて

Popen samtoolsが実行されていません

私はsamファイルをbamファイルに変換し、それをソートしてPythonでインデックスするクラスの関数を書いています（これはbashで実現するのは簡単ですが、もっと）。 すでに定義されているディレクトリ（cwd）に、クラスの別の関数によってsamファイルが生成されています。 def sam2bam(self): """ return a sorted and index bam

subprocess samtools 2017-08-09

---

0熱

2答えて

コマンドラインで動作しますが、シェルスクリプト

に、私はこのライン samtools view -h file | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S - -b -o output を持っていないが、-Sと-b間のダッシュは、それがSTDINからあるプログラムに指示することになっています。コマンドラインでperlスクリプトから実行することはできますが、シェルスクリプトに移動しようとすると

perl shell awk samtools 2012-03-01

---