BWAがローカルインデックスファイルを見つけることができません

Question

現在、リファレンスゲノムを使用して読み込みをマップするために.fastaファイルをbwaにインポートしようとしています。しかし、私は現在、このエラーが発生しています：

[E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files 

ヘルプがありますか？ここに私のコードは次のとおりです。

#!/bin/bash 

source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load fastqc/0.10.1 
module load fastx/0.0.13 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load pear/0.9.10 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load fastqc/0.10.1 
module load fastx/0.0.13 
module load bwa/0.7.12 
module load samtools/1.2 
source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/modules.sh 
module load trimmomatic/0.35 

r=20 
####mapping 
#Indexing reference library for BWA mapping: 
bwa index -a is ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa fungiref 

bwa mem fungiref sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam 

#sort and convert to bam 
samtools view -bS sample${r}.sam | samtools sort - sample{r}_sorted 

#counts and stats 
samtools index sample${r}_sorted.bam 
samtools idxstats sample${r}_sorted.bam > ${r}_counts.txt 

Answer 1

bwa indexの使用は、あなたの使用量がこれと一致していません

bwa index [-p prefix] [-a algoType] <in.db.fasta> 

です。 bwaがすぐにエラーをスローするのではなく、これを静かに受け入れることは残念です。煩わしいことに、単にインデックスのパスプレフィックスを指定する方法もありません。あなたはあなたの参照の場所に立ち往生しています。

いずれにしても、インデックスファイル名はFASTA参照ファイルから得られます。結果として、あなたは、後続のコマンドであなたのインデックスファイル名を調整する必要があります。

bwa mem ~/gz_files/sample_things/fungiref.fa sample${r}_clipped_paired.assembled.fastq > sample${r}.sam 

あなたは自分の[manページ]のより正確なヘルプを見つけるかもしれない