pvclust

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Rでパッケージpvclustを使用してクラスタ分析を行いました。コマンド「pvpick」で結果のクラスタコンポーネントを抽出し、8つのクラスタを持つリストを作成しました。私はそれぞれの種名（つまり、「SCOと、ちょうどあなたがクラスタパッケージの「cuttree」機能を使用するときに、あなたが得るもののよう、このリストから「という名前のベクトル」を作成する必要があり、私の次の分析のために [[1]

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pvclust Rパッケージで "ward"メソッドを使用するとエラーが発生する

pvclustパッケージを使用してクラスタ分析に関するいくつかの問題が発生しています。具体的には、種（行）とサンプリングステーション（列）で構成されるデータマトリックスがあります。私は私の種の豊富さ（私は以前にlog（x + 1）を変換していた）に従ってサンプリングステーションをグループ化するためにCAを実行したい。私の行列を適切に準備したら、WardのクラスタリングメソッドとBray-Cur

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事前計算されたdistオブジェクトにpvclust R関数を適用する

私は階層的クラスタリングを実行するためにRを使用しています。私はhclustを使用し、以下のステップを実行最初のアプローチとして： Iは、距離行列をインポート私はdistオブジェクト上hclustを実行distオブジェクトにそれを変換するas.dist関数を使用 distm <- read.csv("distMatrix.csv") d <- as.dist(distm) hclust(d

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は、私は現在、系統樹を構築していると私はそれの外観を微調整する「dendextend」を使用しています「dendextend」

で樹形図内の指定したラベルの周りに四角形を描きます。私は、あらかじめ定義されたクラスタの周りに四角形を描くことを除いて、私が望むすべてのことを行うことができました。私のデータ（Barra_IBS_example.matrix）は 'pvclust'でクラスタ化されていますので、 'pvrect'はrectを正しい位置に描画しますが、ラベルをカットします（下の画像を参照）。 'rect.dend