pvclust Rパッケージで "ward"メソッドを使用するとエラーが発生する

Question

pvclustパッケージを使用してクラスタ分析に関するいくつかの問題が発生しています。

具体的には、種（行）とサンプリングステーション（列）で構成されるデータマトリックスがあります。私は私の種の豊富さ（私は以前にlog（x + 1）を変換していた）に従ってサンプリングステーションをグループ化するためにCAを実行したい。

私の行列を適切に準備したら、WardのクラスタリングメソッドとBray-Curtisを距離インデックスとして使用して、pvclustパッケージに従ってCAを実行しようとしました。しかし、私は次のエラーメッセージを取得するたび：

「」hclustでエラーが発生しました（距離、メソッド= method.hclust）： 無効なクラスタリング法「」

私はその後、別のものを使用して同じ分析を実行しようとしましたクラスターメソッド、私は問題はなかった。私はまた、veganパッケージのhclust関数を使って同じ解析を実行しようとしましたが、全く問題はありませんでした。分析は問題なく実行されます。

がより良い私の問題を理解するために、私は私のマトリックスの一部と私は分析をperfromするために使用さ スクリプトを表示します：

  P1  P2   P3   P4   P5  P6 
1 10.8750000 3.2888889 2.0769231 1.4166667 3.2395833 5.333333 
3 0.3645833 0.3027778 0.3212038 0.7671958 0.4993676 0.000000 
4 0.0000000 0.0000000 2.3500000 0.0000000 0.0000000 0.264000 
5 0.0000000 0.7333333 0.2692308 0.0000000 0.2343750 0.000000 
6 0.0000000 0.9277778 0.0000000 0.2936508 0.7291667 0.000000 
7 0.4166667 6.3500000 1.0925463 0.5476190 0.1885169 0.000000 
8 1.6250000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 5.2187500 0.000000 
9 0.0000000 0.8111111 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 
10 2.6770833 0.6666667 2.3304890 4.5906085 2.9652778 0.000000 
15 1.8020833 0.9666667 1.4807137 3.3878968 0.1666667 0.000000 
16 17.8750000 4.9555556 1.4615385 6.5000000 7.8593750 7.666667 
19 4.5312500 1.0555556 3.5766941 6.7248677 2.3196181 0.000000 
20 0.0000000 0.6777778 0.5384615 0.0000000 0.0000000 0.000000 
21 0.0000000 0.9777778 0.0000000 0.2500000 0.0000000 0.000000 
24 1.2500000 3.0583333 0.1923077 0.0000000 4.9583333 0.000000 
25 0.0000000 0.0000000 2.5699634 0.0000000 0.0000000 0.000000 
26 6.6666667 2.2333333 24.8730020 55.9980159 17.6239583 0.000000 

P1-P6は私のサンプリング局である

、および左端の列数字は私の異なる種です。私はこのプラットフォームをプラットフォームと同じように表現します。

その後、私は次のコード行を使用しました：

dist <- function(x, ...){ 
    vegdist(x, ...) 
} 

result<-pvclust(platforms,method.dist = "bray",method.hclust = "ward") 

それはブレイ・カーティスインデックスはpvclustパッケージで、元々利用できないので、私は、最初の3つのコードラインを実行することは注目に値します。したがって、これらのコードラインを実行すると、pvclust関数でブレイ・カーティスインデックスを指定することができました。

なぜpvclustパッケージでは動作しないのですか？

ご協力いただければ幸いです。

敬具、

マリー

Answer 1

二つの関連の問題があります。

1. あなたはhclust互換性のある方法を渡す必要がmethod.hclustを呼び出します。理論的にはpvclustはwardをチェックし、ward.Dに変換しますが、（正しい）名前をward.Dまたはward.D2のいずれかに渡すことをお勧めします。
2. distをそのように上書きすることはできません。ただし、はのカスタム関数をpvclustに渡すことができます。

例えば、これは動作するはずです：

library(vegan) 
library(pvclust) 

sample.data <- "P1 P2 P3 P4 P5 P6 
10.8750000 3.2888889 2.0769231 1.4166667 3.2395833 5.3333330 
0.3645833 0.3027778 0.3212038 0.7671958 0.4993676 0.0000000 
0.0000000 0.0000000 2.3500000 0.0000000 0.0000000 0.2640000 
0.0000000 0.7333333 0.2692308 0.0000000 0.2343750 0.0000000 
0.0000000 0.9277778 0.0000000 0.2936508 0.7291667 0.0000000 
0.4166667 6.3500000 1.0925463 0.5476190 0.1885169 0.0000000 
1.6250000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 5.2187500 0.0000000 
0.0000000 0.8111111 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 
2.6770833 0.6666667 2.3304890 4.5906085 2.9652778 0.0000000 
1.8020833 0.9666667 1.4807137 3.3878968 0.1666667 0.0000000 
17.8750000 4.9555556 1.4615385 6.5000000 7.8593750 7.6666670 
4.5312500 1.0555556 3.5766941 6.7248677 2.3196181 0.0000000 
0.0000000 0.6777778 0.5384615 0.0000000 0.0000000 0.0000000 
0.0000000 0.9777778 0.0000000 0.2500000 0.0000000 0.0000000 
1.2500000 3.0583333 0.1923077 0.0000000 4.9583333 0.0000000 
0.0000000 0.0000000 2.5699634 0.0000000 0.0000000 0.0000000 
6.6666667 2.2333333 24.8730020 55.9980159 17.6239583 0.0000000" 

platforms <- read.table(text = sample.data, header = TRUE) 

result <- pvclust(platforms, 
        method.dist = function(x){ 
        vegdist(x, "bray") 
        }, 
        method.hclust = "ward.D")