pheatmap

1熱

1答えて

2つの異なるCSVファイルに2つの行列があり、同じ色のスケールを持つそれらをプロットしたいと思います。これは私が今持っているものであり、それは働いていない：あなたが見ることができるように、両方の画像は（青から赤に）同じ色の範囲を使用しますが、その意味が異なっています：彼らは異なる間隔を持っています。 2つのヒートマップの同じ値の範囲に同じ色を関連付ける必要があります。ここに私のコードでは、ヒ

0熱

1答えて

ヒートマップの行の凡例の色を反転する方法は？

私は、行のデフォルトの注釈を逆にしたいと思います： library(NMF) #any other packages for this task are welcome car<-cars car$p<-sample(1:600, 50)*0.0001 aheatmap(as.matrix(cars[,1:2,drop=FALSE]),annRow =car[,"p",drop=FALSE]

0熱

1答えて

pheatmap関数の決定されたブレークの外にある値の色を変更するにはR

Rのpheatmap関数に関して1つの質問があり、誰かが私を助けてくれれば非常に感謝しています。 1）pheatmapsを実行するとき、私は常にブレーク機能を使用してブレークを設定します。ただし、決定されたブレークから値が外れると、自動的に白で表示されます。誰も私の休憩から落ちる値を自分の最大値または最小値と同じ色に設定する方法を知っていますか？サンプル1005_atの値のいくつかは、彼らが白にな

2熱

2答えて

R - Pheatmapを使用する場合の凡例のタイトル

pheatmapを使用して値のヒートマップを作成していて、凡例に行列のz値の単位を付けたいとします。この例では、伝説の上部に温度[℃]と言っています。私はpheatmapのためにguidelines hereを読んでいます、そして、凡例の唯一の操作は、スケールの代わりに表示されるデフォルトの番号のリストを追加することです。凡例のタイトル自体を追加するオプションはありません。ここでは、pheatm

0熱

1答えて

データを再分類する

私はpheatmapを使ってマトリックスを作ったので、それを8つの分類に再分類する必要があります。どんな助けでも大いに感謝し、私は以下のコードを配置しました。次のように pheatmap(y, cluster_row=FALSE, cluster_col=FALSE, display_numbers=TRUE, color=colorRampPalette(rev(brewer.pal

1熱

1答えて

pheatmapデフォルトの距離メトリックR

UPGMAと1ピアソン相関を距離メトリックとして使用して、ヒートマップを「pheatmap」関数で作成する必要があります。私の教授は、これがデフォルトの距離メトリックだと主張していますが、私の場合はユークリッド距離を距離メトリックとして使用しています。真核生物と1 - ピアソンの相関は同じか、それとも間違っているのか？彼が間違っている場合、ヒートマップに正しい距離メトリックを使用するにはどうすれば

1熱

1答えて

しきい値以下の値に対してカスタマイズされたカラースケールバーを備えたヒートマップ

緑、黒、赤の色でヒートマップを作成し、凡例の範囲を-2〜2の範囲で使用するヒートマップを作成したいと思います。 library(pheatmap) my_palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "red"))(n = 201) colors = c(seq(as.numeric(-2),-0.01,length=100), 0, seq

1熱

2答えて

pheatmapを使用すると列ラベルが切り取られる

pheatmap（Documentation）を使用してヒートマップをプロットしています。私はかなり簡単な方法で行列をプロットしています：私は一番下に列名を見ることができないように、私のプロットの底部が切り取らなっている pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=rld$Infection_Line, fontsize_row=5, fontsize_