Rヒモマップ、2つのヒートマップ画像に同じスケールを設定する方法は？

Question

2つの異なるCSVファイルに2つの行列があり、同じ色のスケールを持つそれらをプロットしたいと思います。

これは私が今持っているものであり、それは働いていない：

あなたが見ることができるように、両方の画像は（青から赤に）同じ色の範囲を使用しますが、その意味が異なっています：彼らは異なる間隔を持っています。

2つのヒートマップの同じ値の範囲に同じ色を関連付ける必要があります。

ここに私のコードでは、ヒートマップのためです：

library(pheatmap) 
datatable_normal = data.matrix(read.table(fileName, sep="\t", header=T, row.names=1)) 
pheatmap(datatable_normal, cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE, show_rownames=T, width=10, height=10) 

がどのように私はこの問題を解決することができますか？

Answer 1

同じ縮尺を同じbreaksに設定することで設定できます。ここで

は私の例です：

library(pheatmap) 

    ## example data 
set.seed(1); test1 <- matrix(rnorm(25, 0, 10), 5, 5) 
set.seed(2); test2 <- matrix(rnorm(25, 30, 10), 5, 5) 
colnames(test1) = paste0("Test", 1:5); rownames(test1) = paste0("Gene", 1:5) 
colnames(test2) = paste0("Test", 1:5); rownames(test2) = paste0("Gene", 1:5) 

    ## make breaks from combined range 
Breaks <- seq(min(c(test1, test2)), max(c(test1, test2)), length = 100) 

    ## draw 
pheatmap(test1, breaks = Breaks, cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE) 
pheatmap(test2, breaks = Breaks, cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE)