pythonでgzipされたfastaファイルに書き込む

Question

私のツールのすべてのモジュールをPython 2からPython 3に移行しました。私は解決できなかった問題にぶつかります - gzipped fastaファイルへの書き込み方法はわかりません。

with gzip.open("sample.fasta.gz", "w") as file: 
    print("writing...") 
    for oid, seq in temp_data.items(): 
     # prepare row 
     row = SeqRecord(Seq(seq), id=str(oid), description=temp_tax[oid]) 
     SeqIO.write(row, file, "fasta") 

このコードは、Python 2で動作しますが、それは、Python 3では動作しません、それが発生します

TypeError: memoryview: a bytes-like object is required, not 'str'

を、私は問題を修正する必要がありますどのように？

Answer 1

普通のopen関数とは異なり、gzip.open functionは、テキストモードではなくバイナリモードにデフォルト設定されています。あなたが明示的にテキストモードで開くには、モード文字列の一部としてtを渡す必要が（受け入れ/ strを期待）：

with gzip.open("sample.fasta.gz", "wt") as file: 

はあなたにも（空文字列）pass newline=''にしたいことがあり、変換を終了する行を避けるためにそのため、Windowsのようなシステムでは、書き込み時に\nを\r\nに変換しません。

Answer 2

SeqRecordから返される文字列をbytesオブジェクトに変換してみてください。

byte_row = record.format('').encode() 

record.format('')stringとしてレコードを返します。

.encode()は、stringをbyteオブジェクトに変換します。