DNA配列リスト中の既知のモチーフ間の平均距離を調べる方法

Question

私の問題です：配列内の既知のモチーフ間の平均距離を検索し、これを配列のリストに拡張します。最初の部分が完了し、2番目の部分（シーケンスのリストに拡張）が問題の1つです！だから、ここで私は最初の部分をやっている方法：

source("motifOccurrence.R") #https://www.r-bloggers.com/calculate-the-average-distance-between-a-given-dna-motif-within-dna-sequences-in-r/ 
library("seqinr") 
df <- readDNAStringSet("X.fasta") 
df2 <- df[[1]] 
motif <- c("T", "C", "C", "A") 
coord <- coordMotif(df2, motif) 
motidist <- computeDistance(coord) 
motidist 

[1] 152 

は、それは私のFASTAリストの最初のシーケンスは2つのTCCAモチーフの間に152個のヌクレオチドの平均距離を持っているように見えるのです。そして、私はどのようにdfのすべての私のリストにこれを自動化しているのかわかりません...

おかげさまで助けてくれてありがとう。

ケベック

Answer 1

これはテストされていませんが、動作するはずです。 sapplyは、各リスト要素を「登る」（lapplyも使用可能）。

sapply(df, FUN = function(x, motif) { 
    computeDistance(coordMotif(x, motif)) 
}, motif = motif) 

結果はベクトルになります。それをリストのままにしたい場合は、sapply(..., simplify = FALSE)を使用してください。簡略化はlapplyで行われません。いずれかの行動を便宜的に考える。 :)