平均距離とigraphの障害平均平均

Question

自分のネットワークの平均パス長を計算しようとしていますが、次の問題があります。私は過去にigraphパッケージのaverage.path.lengthを使っていました。今回は別のルートをとることにしました。私はdistances関数（パッケージigraphからも）を使い、すべての距離の平均を求めたかったのです。 distances関数はグラフの頂点間のペアワイズ最短パスを単純に計算するので、平均パス長を返すのがmean(distances(graph))であると私は理解していました。しかし、私がこのアプローチを使用しようとしたとき、私はaverage.path.lengthとmean_distanceの指示アプリケーションが与えていた異なる値を得ていることに気付きました。最初は、問題はいくつかの独立したノードによって引き起こされたと思っていましたが、完全に接続されたおもちゃのグラフでチェックしたところ、同じ問題がありました。ここで

が再現可能な例である：

toy.graph <- graph.formula(1-2,1-3,1-5,2-5,3-5,3-6,4-6) 
    mean_distance(toy.graph) 
    [1] 1.866667 
    average.path.length(toy.graph) 
    [1] 1.866667 
    mean(distances(toy.graph)) 
    [1] 1.555556 

私は別のアルゴリズムがmean_distanceとdistancesのために使用されていることを理解しその差は、小型でシンプルなモデルにとても大きくすべきですか？私は何が欠けていますか？

Answer 1

私はあなたの代わりに下の全距離行列を平均化しているので、あなたが別の答えを取得していると思わ| distance(toy.graph)の上三角これは距離

library(igraph) 
toy.graph <- graph.formula(1-2,1-3,1-5,2-5,3-5,3-6,4-6) 
plot(toy.graph) 
mean_distance(toy.graph) 
#[1] 1.866667 

average.path.length(toy.graph) 
#[1] 1.866667 

mean(distances(toy.graph)) 
#[1] 1.555556 

mean(distances(toy.graph)[lower.tri(distances(toy.graph))]) 
#[1] 1.866667