データ中のすべての銀河間の最も近い距離を見つけ、それらの間の最も近い距離に基づいてペアを作成します。

Question

私の仕事は、銀河の大きなリストから一緒に近い銀河をペアにすることです。私はそれぞれのRA、DEC、Zと、与えられたデータからそれぞれの距離を計算する式を持っています。しかし、私は、各銀河とそれに最も近い隣の銀河とを一致させるという目的で、リスト内の各銀河と他のすべての銀河との距離を見つけるための効率的な方法を試すことはできません。

データは次のようにインポートされている：最初に、実際に行い、すべての銀河、間RAおよび12月の違いをうまくする

radiff = [] 
    for i in range(0,n): 
     for j in range(i+1,n): 
      radiff.append(abs(RA[i]-RA[j])) 

：私はのようなものを試してみました

hdulist = fits.open("documents/RADECMASSmatch.fits") 
    CATAID = data['CATAID_1'] 
    Xpos_DEIMOS_1 = data['Xpos_DEIMOS_1'] 
    z = data['Z_1'] 
    RA = data['RA'] 
    DEC = data['DEC'] 

私は良い方法がなければならないように感じる。

友人はの線に沿って何か提案：

galaxy_coords = (data['RA'],data['DEC'],data['Z]) 
    separation_matrix = np.zeros((len(galaxy_coords),len(galaxy_coords)) 

    done = [] 
    for i, coords1 in enumerate(galaxy_coords): 
      for j, coords2 in enumerate(galaxy_coords): 
       if (j,i) in done: 
        separation_matrix[i,j] += separation matrix[j,i] 
        continue 
        separation = your_formula(coords1, coords2) 
        separation_matrix[i,j] += separation 
        done.append((i,j)) 

をしかし、私は本当にこれがそう容易にそれを適用することはできません理解していません。私は試しましたが、何も役に立たないでしょう。

この持つ任意のヘルプははるかに高く評価されるだろう、おかげ

Answer 1

友人のコードは、（距離（x、y）の各対の間の距離の2次元配列を生成し、対称性を利用しているように見える=距離（y、x））。組み合わせを生成するのにitertoolsを使用した方が若干良いでしょうし、i、jとjの両方に対して別々の繰り返しを行うのではなく、your_formula(coords1, coords2)をseparation_matrix[i,j]とseparation_matrix[j,i]に同じ繰り返し内で割り当てます。

ツリーベースのアルゴリズムであるhttps://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.spatial.KDTree.htmlを使用するこのパッケージがさらに優れています。これは、直線座標に焦点を当てているようですが、それは線形時間で扱う必要があります。